蛋白质相互作用网络进化分析研究进展.pdf

生物化学与生物物理进展 ProgressinBiochemistryandBiophysics 2009,36(1):13~24 蛋白质相互作用网络进化分析研究进展 * 刘中扬 1,2) 李栋1,2) 朱云平 1,2)** 贺福初 1,2)** (1)蛋白质组学国家重点实验室，北京蛋白质组研究中心，北京 102206；2)北京放射医学研究所，北京 100850) 摘要 近年来，随着高通量实验技术的发展和广泛应用，越来越多可利用的蛋白质相互作用网络数据开始出现． 这些数据为 进化研究提供了新的视角． 从蛋白质、蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络五个层次，综述了近年来蛋白质相互作用 网络进化研究领域的主要进展，侧重于探讨蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络对蛋白质进化的约束作用，以及蛋白 质相互作用网络不同于随机网络特性的起源和进化等问题． 总结了前人工作给学术界的启示，探讨了该领域未来可能的发展 方向． 关键词 蛋白质相互作用网络，进化，生物信息学 学科分类号 Q51，Q11 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2008.00393 正像 Dobzhansky 的著名观点所述[1]，“除了进 作用、模体(motif)、模块(module)直到整个网络． 化的光亮外，没有其他东西能使你明白生物学． ” 其中，模体和模块都是由多个蛋白质及其相互作用 自 20 世纪中叶沃森和克里克提出 DNA 双螺旋模 组成的． 前者一般包含 3～ 5 个蛋白质，而后者更 型以来，分子生物学的迅速发展使人们能够从复杂 大一些，它可能包含模体作为其结构成分． 本文试 细胞表型下的微观分子层次探索生物进化过程． 图从以上五个层次对近年来出现的蛋白质相互作用 1990 年启动人类基因组计划，海量基因组数据涌 网络进化研究工作做一综述，并对相关问题展开讨 现，生物信息学应运而生． 世纪之交，人类基因组 论． 侧重于探讨两个基本问题：a． 蛋白质相互作 计划宣告完成，后基因组时代到来． 与此同时，随 用、模体、模块直到整个网络对蛋白质进化有无约 着高通量实验技术的发展，转录组、蛋白质组、代 束作用，如果有，又是怎样的约束作用? 从进化的 谢组以及相互作用组等组学数据也开始大量出现， 角度，相互作用蛋白质或模体、模块成员蛋白质是 系统生物学被适时提出． 系统生物学的目的在于从 否趋向具有相同的性质?b．为什么蛋白质相互作 系统水平来理解生物学系统，即在细胞、组织、器 用网络存在不同于随机网络的无尺度、层次模块化 官和生物体整体水平上研究结构和功能各异的生物 等特性，这些特性是如何起源和进化的? 大分子及其相互作用，并通过生物信息学和计算生 另外，目前可被称为蛋白质相互作用的蛋白质 物学来定量阐明并预测生物功能、表型和行为[2]． 间关系至少有两种． 第一种就是被研究最多的直接 系统生物学的产生和发展，为进化研究提供了新的 物理相互作用． 第二种是间接相互作用，也即功能 视角． 关联，比如 STR