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蛋白质预测;序列------结构------功能;Protein structure prediction:The holy grail of bioinformatics;一、蛋白质结构;氨基酸的分类： 1. 体积； 2. 亲疏水性 3. 极性；4. 正负电荷 5. 酸碱性；6. 脂肪族/芳香族 三个比较特殊的氨基酸： 脯氨酸(P，Pro)：是环状的亚氨基酸，易形成顺式肽链； 甘氨酸(G，Gly)：α碳原子上有两个氢，没有侧链，不和其它残基互作，没有位阻； 半胱氨酸(C，Cys)：高度化学反应活性，易形成二硫键。;维持和稳定蛋白质高级结构的因素： 1. 静电作用：严格服从库仑定律 2. 氢键：在二级结构形成中，十分重要 3. 范德华力：蛋白质分子巨大，此力不可忽视 4. 亲疏水性：三级结构中，至关重要 5. 配位键：例如金属蛋白 6. 二硫键：蛋白质的稳定十分有用 7. 其它因素：翻译后修饰;Primary structure = the linear amino acid sequence;;规则的二级结构： 1) α螺旋： 最常见 每圈螺旋含有3.6AA，平均11AA 其它一些螺旋：310螺旋，π螺旋;2) β折叠: 平均6.5AA，可看成被 拉伸的α螺旋； 单股β折叠不稳定， 会形成β片层；;An antiparallel β sheet. Adjacent β strands run in opposite directions. Hydrogen bonds between NH and CO groups connect each amino acid to a single amino acid on an adjacent strand, stabilizing the structure.;A parallel β sheet. Adjacent β strands run in the same direction. Hydrogen bonds connect each amino acid on one strand with two different amino acids on the adjacent strand.;部分规则二级结构： 1）转角：β、γ、π转角 β转角对蛋白质的功能和进化有重要意义。 2） Ω环 3）无规卷曲 许多特殊的生物学功能都发生在无规卷曲或其他非规则的结构中。;3. 二级结构预测;二级结构预测;1）二级结构预测概述 蛋白质的二级结构预测的基本依据是： 每一段相邻的氨基酸残基具有形成一定二级结构的倾向。 二级结构预测问题是模式分类问题 二级结构预测的目标： 判断每一段中心的残基是否处于螺旋、折叠、无归卷曲（或其它状态）之一的二级结构态，即三态。 ;基本策略（1）相似序列→相似结构;基本策略（2）分类分析; 2）二级结构预测的参数大体分为三代： 第一代是基于单个氨基酸残基统计分析 从有限的数据集中提取各种残基形成特定二级结构的倾向，以此作为二级结构预测的依据。 第二代预测方法是基于氨基酸片段的统计分析 统计的对象是氨基酸片段 片段体现了中心残基所处的环境 在预测中心残基的二级结构时，以残基在特定环境形成特定二级结构的倾向作为预测依据 ;第一代和第二代参数预测方法对三态预测的准确率一般都小于70% 第三代方法（考虑多条序列，综合算法） 运用长程信息和蛋白质序列的进化信息 准确度有了比较大的提高，一般能上70%。;（1）经验参数法 由Chou 和Fasman在70年代提出来 是一种基于单个氨基酸残基统计的经验预测方法。通过统计分析，获得的每个残基出现于特定二级结构构象的倾向性因子，进而利用这些倾向性因子预测蛋白质的二级结构。 例如：谷氨酸(Glu)主要出现在?螺旋中 天冬氨酸(Asp)和甘氨酸(Gly)主要分布在转角中 脯氨酸(Pro)也常出现在转角中，但是基本不会出现在? 螺旋中;一个氨基酸残基的构象倾向性因子定义为 Pi = Ai / Ti (i= ?,β, t) 式中下标 i 表示构象态 如?螺旋、β折叠、转角等； Ti 是所有被统计残基处于构象态 i 的比例； Ai 是第A种残基处于构象态 i 的比例； Pi 大于1表示该残基倾向于形成二级结构构象i， Pi小于1则表示倾向于形成其它构象。 ;%; 发现关于二级结构的经验规则 基本思想是在序列中寻找规则二级结构的成核位点和终止位点。 扫描输入的氨基酸序列，利用一组规则发现可能成为特定二级结构成核区域的短序列，然后对于成核区域进行扩展，不断扩大成核区域，直到倾向性因子小于1.0为止。 规则： （i）α螺旋规则