9 未培养微生物.ppt

第9章：未培养微生物;Contents;9.1：微生物分类;一、通用分类单元;分类单元及其等级;细菌域;常用的细菌分类学术语;常用的细菌分类学术语;二、微生物在自然界的地位;Eubacteria （真细菌界）;16S rRNA系统发育分析对微生物分类的贡献;9.2：微生物的分离和培养;一、无菌技术;二、用固体培养基分离纯培养;三、用液体培养基分离纯培养;四、单细胞（单孢子）分离;五、选择培养分离;9.3：微生物的鉴定;一、生物分类的传统指标;一、生物分类的传统指标;其它化学特征;二、分子生物学指标指标;G-C含量;G-C含量;rDNA;;核酸杂交;脉冲场电泳分型（ pulsed field gel electrophoresis, PFGE ）;脉冲场电泳分型（ pulsed field gel electrophoresis, PFGE ）;基因指纹图谱技术;全基因组测序;三、微生物自动鉴定系统;Biolog系统;在96孔细菌培养板上检测微生物对不同发酵性碳源（95种）利用情况。 干膜上都含有培养基和氧化还原染料四唑 微生物利用碳源进行呼吸时（产生的NADH），会将四唑从无色还原成紫色。;Biolog系统;API系统;MIDI系统;MIDI系统;主要功能及应用： 1、MIDI全自动微生物鉴定系统主机软件Sherlock System?是一个全自动GC分析系统，其原理是通过细菌独特的脂肪酸来对细菌进行鉴定分型。不需要色谱知识及操作经验。 2、Sherlock软件能由GC检测器得到的电讯号传输到电脑，由软件对峰制进行积分计算，数据储存并与MIDI的菌株数据库进行分析比对。;3、菌株数据库容量共2200余种，嗜氧菌库含有大于1100株的菌种，厌氧菌库含有大于800株的菌种，酵母库含有大于200株的菌种，放射菌库亦包含其内。文库生成软件（the library generation software, LGS)是一个终端开放的研究软件包，完全由用户自定义创建。用户可以为自己的特殊菌株或物种创建新的数据库。 4、检测时间：8～20分钟；自动菌种样品进样器，可同时容纳27个2mL样品瓶。 5、主要应用领域：疾病预防与控制；新菌种的发现与溯源；水质监测；土壤微生物监测；出入境检验检疫；临床微生物检测等。;;9.4：未培养微生物;顶角表示该门中RNA序列的相对丰度,红色程度代表可培养微生物的比例,黄色部分表示该种群中全部为未培养微生物。; 1987年Carl Woese通过生物核糖体RNA的序列分析提出了生物体三域的学说，自此，16S rRNA的系统分类学研究日见广泛地应用于环境微生物分析。这种基于DNA/RNA测序技术与序列分析的方法不依赖于传统的微生物培养技术，极大的拓宽了人们对地球上微生物多样性的认识。至今为止，在人类已知的原核生物53个门的分类单元中，只有26个门囊括了经过实验室培养的细菌。剩下目前定义为： 未培养微生物;活的但不可培养（viable but nonculturable, VBNC）微生物; 未培养微生物的概念不仅仅局限于VBNC微生物，不可培养是由于受现有纯培养分离技术的限制，目前自然界中绝大部分的微生物是人们还无法纯培养的，甚至是不曾认识的，迄今可培养的微生物仅约占自然界存在微生物的1.0%或更少。它们主要存在于有机物质贫乏的极端环境中，如远洋、深海、贫瘠土壤等环境。一般地，海水中微生物可培养的约为0.001%～0.1%，淡水约为0.25%，土壤约为0.3%，活性污泥为1%～15%左右。 ;微生物不可培养的原因;微生物不可培养的原因;微生物不可培养的原因;微生物不可培养的原因;新型微生物分离方法;新型微生物分离方法;新型微生物分离方法; 左：扩散盒，中间为实验样品与琼脂的混合物，两端用0.03um的聚碳酸酯膜封住；右：原位环境培养。 ; 分离芯片法：与标准扩散盒法相比，有更短的扩散距离，使更多细胞能感应外部环境并生长；更容易检测和观察；适合于大规模分离和培养。 ;凝胶微滴培养 ;新型微生物分离方法;;未培养微生物资源;9.5：甲烷营养古菌与甲烷厌氧氧化;a：火山泥中的微生物群，b：黑海沉积物中的产甲烷微生物群，c：含油沉积物上的微生物群，d：沥青流中的微生物群; 海底样品DNA的分子分析揭示了微生物巨大的多样性，而其中大多是难以培养的。尽管2-4km的海底微生物的产出率低于海洋表面环境，但任何深度的单位体积海底沉积物中微生物的数量是海水中的10-1000倍。由于海洋面积巨大，海洋深层生物圈构成了地球上所有微生物的一个“潜伏主体”，相当于地球微生物总量的50-80%。; 海洋环境中，仅有0.01-0.1%的微生物目前是可培养的