第一节 蛋白质的结构和功能2014.ppt

生物化学;主要参考书：;蛋白质的结构和功能 Structure and Function of Protein;Yigong Shi;一、蛋白质的概念 二、蛋白质的组成 三、蛋白质的结构 四、蛋白质结构和功能的关系 五、蛋白质功能调控 六、蛋白质的理化性质和分离 七、从序列到结构及功能;;Protein 这个词来自希腊文 proteios, 原始的，首要的。;蛋白质的生物学重要性;2.蛋白质的重要生物学功能;催化;开关;结构蛋白;二、蛋白质的组成;（二）蛋白质的基本结构单位——氨基酸;通常位于蛋白的内部;F;主要存在于蛋白的外部;通常位于蛋白外部，有时位于内部，与带负电荷的氨基酸形成盐键;D;按照疏水性分类;亲水性氨基酸;两亲性氨基酸;3、氨基酸的理化性质;紫外吸收;茚三酮反应：;3、氨基酸的化学反应;（二）蛋白质的分类;三、蛋白质的结构;（一）蛋白质分子的一级结构;2.肽键和二硫键;3.天然活性肽;4.蛋白质一级结构的测定;(2) 由cDNA序列确定蛋白序列 ;(3) 以质谱仪测定蛋白序列;（二）蛋白质分子的二级结构;肽单元;扭转角：一个可旋转化学键两侧两个基团间所成的角度。 Φ扭转角：N-Cα键与相邻肽键形成的夹角 Ψ扭转角：Cα-C键与相邻肽键形成的夹角 从肽链N端看，顺时针方向为正，逆时针方向为负;左手螺旋;肽键的特性对于多肽链在水中的稳定性和柔韧性具有非常重要的影响;2.稳定折叠蛋白的化学键;氢键（hydrogen bond)：当氢原子与一个负极性更强的原子形成共价键时，它便具有了部分正电荷的性质，可以被邻近的带有负电荷的原子吸引，从而形成氢键。两个非氢极性原子之间距离小于3.5?，而其中一个连接了一个氢原子时，就认为它们之间存在氢键。;水形成氢键的特性对于蛋白质结构具有重要的影响;疏水作用（Hydrophobic effect);3.蛋白质二级结构的主要形式;?-螺旋 ( ? -helix )，由主链氢键网络稳定的具有多面性的柱状结构;?-螺旋俯视图;?-折叠 (?-pleated sheet );β-折叠（ β-pleated sheet）;β-转角（ β-turn）;没有确定规律性的部分肽链构象，肽链中肽键平面不规则排列，属于松散的卷曲(coil)。 这类有序的非重复性结构经常构成酶活性部位和其他蛋白质特异的功能部位，例如铁氧还蛋白和红氧还蛋白中结合铁硫串的肽环以及许多钙结合蛋白中结合钙离子的E-F手结构的中央环。 无规卷曲（random coil）:溶液中变性蛋白质的折叠完全展开后形成的无序且快速变动的构象。;4.二级结构的预测;超二级结构（supersecondary structure）;（三）蛋白质分子的三级结构;折叠蛋白表面结合的水分子是其重要的结构部分;膜蛋白的结构（孔或离子通道）;全β折叠的转运蛋白FhuA的三维结构，桶;结构域（domain）：在较大蛋白质分子中，由于多肽链上相邻的超二级结构紧密联系，形成两个或者多个空间上具有明显区别的区域，这种局部区域就称为结构域。结构域之间是共价键连接。;按照包含的主要二级结构，将域折叠分成5类 α域：主要由α域组成 β域：主要由β域组成 α/β域：包含α螺旋连接的β链 α+β域：包含分离的α螺旋和β折叠 交联域：只有很少或没有二级结构，但由金属离 子或二硫桥稳定;（四）蛋白质分子的四级结构;所有特异性的分子间相互作用都依赖于互补性;构型（configuration）：一个有机分子中各个原子特有的固定的空间排列。这种排列不经过共价键的断裂和重新形成是不会改变的。构型的改变往往使分子的光学活性发生变化。 构象（conformation）：指一个分子中，不改变共价键结构，靠单键的旋转所产生的空间排布。一种构象改变为另一种构象时，不要求共价键的断裂和重新形成，只是次级键断裂。构象改变不会改变分子的光学活性。;蛋白质的柔韧性;四、蛋白质结构与功能的关系;（一）蛋白质一级结构与功能的关系;;3.蛋白质一级结构的种属差异与分子进化;4.蛋白质的一级结构与分子病; 被称之为“分子病”的镰刀状细胞贫血仅仅是血红蛋白（Hb）β亚基574个氨基酸残基中，一个氨基酸残基即N端的第6位的谷氨酸（酸性)被缬氨酸（非极性）取代，发生了变异所造成的。突变导致本是可溶性的血红蛋白聚集成丝，相互粘着，导致红细胞变形而成镰刀状，极易破碎导致贫血。;(二)蛋白质空间结构与功能的关系 ; 4个亚基组成，两两相同，每个亚基都有一个血红素辅基和一个氧结合部位。 Hb分子近似球形，4个亚基占据相当于四面体的四个顶角。;辅基血红素（heme）;血红素与氧的结合以及在蛋白中的位置;肌红蛋白和血红蛋白氧解离曲线;血红蛋白的构象变化与结合氧;蛋白质的功能（识别和催化）依赖于互补;分子识