分子生物学课件11.pptVIP

2.4.6. 核酸分子的空间结构;● 二级结构的形态;核酸分子的二级结构(分别出现在DNA复制， 转录，重组等阶段);核酸分子的二级结构 分别出现在DNA复制， 转录，重组等阶段;形成超螺旋的原因和条件 原因：因某种原因引入了额外的螺旋 条件： a, DNA双螺旋闭合或被蛋白结合，末端 不能自由转动； b, DNA双链上无断裂 ; 超螺旋结构DNA ;● 超螺旋结构DNA ;Leads to right-handed superhelix;l?????? DNA在水溶液中, 构型偏B型状态; 在细胞内(in vivo) ;l?? 拓扑异构酶 (topoisomerase I, II) 参与构型的改变;l?? 拓扑异构酶 (topoisomerase I, II) 参与构型的改变;l?? 拓扑异构酶 (topoisomerase I) 参与构型的改变;Top I (swivelase, niking-closing enzyme);Top II (gyrase) ATP needed;;Assay for a DNA topoisomerase.; l 细胞内 精细调控机制维持 Top I ~ Top II 含量的平衡;2.4.7. DNA分子变性( DNA denaturation ) ;变性过程的表现 ;D.S DNA S.S DNA 粘度降低 ？;变性过程的表现 ;1.185; Marmur-Doty formula ;l??? 增色效应的跳跃现象 ( Jump of Hyperchromicity );● S.S DNA 或 RNA 分子内的双链区变形表现末端效应 ;● 影响 Tm值的因素 ;☆ 大片段D.S. DNA分子之间比较;☆ 盐浓度的影响 ;Tm ↑; pH ~ 12 ;2.4.8. DNA 分子的复性 (anneal or renaturation) ; 影响DNA复性过程的因素 ： ; 影响DNA复性过程的因素 ： ;3’-ATCTATGCTGTCAT-5’;复性发生的过程的讨论; dCt / dt = -KCt2 积分 ;在控制反应条件相同的前提下, 两种DNA分子的C0t(1/2)值, 取决于dNt 的排列复杂性 ( 复性动力学的复杂性, Kinetic complexity, K.C ) ; 单一序列长度愈小（重复度愈大） kinetic complexity(K.C.）愈小 Cot(1/2)值小（复性愈快） poly(A ) K.C. = 1 Cot(1/2) = 2 × 10-6 T4 DNA K.C. = 1.7 × 105 Cot(1/2) = 0.3 E.coli DNA K.C. = 4.2×106 bp Cot(1/2) = 9 ;;原核生物DNA的复性动力学 原核生物Cot曲线形状： 不同生物曲线形状相似，都是单一序列； 原核生物Cot曲线跨度：一般只有两个数量级； 原核生物Cot曲线位置：基因组越大越靠右。;4 真核生物DNA复性动力学 （1）真核生物的DNA复性曲线（图2-8） 真核生物Cot曲线特点：阶梯状，跨度7-8个数量级。 真核生物Cot曲线的组成：快复性组分/中间复性组分/慢复性组分;化学复杂长度和动力学复杂长度 化学复杂长度：通过化学方法测量得到的DNA长度 动力学复杂长度：按照复性动力学计算出来的DNA复杂长度 基因组的化学复杂长度 ? 单一序列的动力学复杂长度 / 单一序列的百分比 ;C0t(1/2) of any genome DNA C0t(1/2) of E.Coli DNA;● 真核生物复性动力学研究 ;多种复性组分复杂性的计算 每种复性成分的实际C0t?值 = 测得的C0t?值 ? 该组分占总DNA的百分比 待测样品DNA的复杂长度 = 标准DNA的复杂长度