单核苷酸多态性芯片分析胰腺癌基因组杂合性缺失的论文.docVIP

　　单核苷酸多态性芯片分析胰腺癌基因组杂合性缺失的论文 作者：林连捷，林艳，郑长青，刘香，金玉 【摘要】 目的： 研究 细胞基因组范围内的杂合性缺失（loh），比较白种人和日本人的异同. 方法 ： 应用 高密度单核苷酸多态性(snp)芯片，检测14种白种人和7种日本人胰腺癌细胞株基因组范围内的loh. 结果:每一种胰腺癌细胞基因组中都有不同程度的loh，染色体臂9p的loh频率最高（19/21，90.5%）；白种人和日本人胰腺癌细胞株不同染色体臂出现loh频率不同，白种人中最常见的loh是9p（14/14，100.0%），17p（13/14，92.9%），18q（13/14，92.9%）等，而日本人出现频率最高的是13q (6/7, 85.7%). 白种人和日本人共同的高频率的（50%以上）loh出现在染色体臂3p，8p，9p，13q，17p和18q. 结论:胰腺癌出现多处loh; 不同种族loh出现可能频率不同. 【关键词】 单核苷酸多态性芯片;杂合性缺失;胰腺肿瘤 0引言 杂合性缺失（loss of heterozygosity，loh）是一种在肿瘤细胞中常见的dna异常， loh区域常含有抑癌基因，与肿瘤的发生有密切关系［1］. 因此 分析 loh为定位和发现抑癌基因的有效手段. 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)芯片在检测dna拷贝数目异常的同时，根据杂合性信号的有无可以检测loh的存在与否. 我们应用affymetrix公司推出的高密度snp芯片，研究来自白种人和日本人的21种胰腺癌细胞株基因组范围的loh. 1材料和方法 1.1材料人类胰腺癌细胞株21种分别来源于白种人（14种）或日本人（7种）. 其中白种人胰腺癌细胞aspc1, bxpc3, capan1, capan2, cfpac1, hpafii, hs 700t, hs 766t, panc 02.03, panc 03.27, panc 05.04, panc 08.13和serican type culture collection (atcc, manassas, va)；mia paca2来自日本细胞库japanese collection of research bioresources （jcrb, osaka, japan）. 日本人胰腺癌细胞株kp1n， kp2， kp3和kp4来自日本组织培养学会细胞库，klm1和norp1来自日本东北大学加龄医学研究所，t3m4来自日本理化学研究所. 各种细胞株在推荐的培养液中培养，培养液购自sigma公司. 1.2方法应用试剂盒puregene dna isolation kit (gentra systems, minneapolis, mn). 根据说明书提取细胞基因组dna，分光光度计测其浓度和纯度. affymetrix基因芯片系统包括全自动芯片洗涤工作站，高分辨率芯片扫描仪和杂交箱. 根据操作手册，从细胞株中提取dna后，250 ng dna用2种限制性内切酶xbai或hindiii消化，末端连接adapter后进行pcr. pcr产物片断化后,末端进行标志, 然后与affymetrix公司的genechip human mapping 100k mapping microarray上的探针杂交. 检测基因芯片上的近100 000个snp荧光信号，应用分析软件名为copy number analyzer for the affymetrix genechip mapping 100k array (ag)，通过分析杂合性信号的有无判断loh的存在与否. 2结果 2.1胰腺癌细胞株的基因组loh概况在21种胰腺癌细胞基因组中，每一种细胞都有不同程度的loh(表略). 其中t3m4细胞的24条染色体臂发生loh频率最高（54.5%）. norp1出现频率最低，只有3条染色体臂发生loh（6.8%）. 高频率（gt;50%）loh出现在染色体臂9p（19/21，90.5%），17p（18/21，85.7%）， 18q（18/21，85.7%），6q（14/21，66.7%），13q（14/21，66.7%），8p（13/21，61.9%），12q（13/21，61.9%），3p（12/21，57.1%），6p（12/21，57.1%），9q（11/21，52.3%）. 2.2白种人和日本人胰腺癌细胞株中loh比较白种人和日本人胰腺癌细胞株不同染色体臂出现loh频率不同，图1显示了22对染色体臂loh在白种人和日本人胰腺癌细胞株基因组出现频率. 白种人的胰腺癌细胞株中高频