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第十一讲 生物测序技术概述 转录组测序;转录本;一、转录组测序简介;转录组;什么是转录组测序;什么是转录组测序;The Central Dogma of Molecular Biology;转录组测序兴起的背景;转录组测序的特点;二、基因注释和注释库简介;基因功能注释简介;BLAST;BLAST简介;BLAST结果简介;NRNT;NRNT比对结果;UNIPROT;UNIPROT简介;UniProtKB/Swiss-Prot;UniprotKB/TrEMBL;UNIPROT注释途径;COG;COG;KEGG注释途径;KEGG注释结果;KEGG注释结果;INTERPROSCAN;INTERPROSCAN;三、转录组测序技术方法及数据分析;三、转录组测序技术方法;表达序列标签（EST）;表达序列标签（EST）;(2) 什么是表达序列标签? （EXPRESSED SEQUENCE TAG, EST） ;EST的获得途径;2、EST的用途;(1) ESTs与基因图谱的绘制 ;(2) ESTs与基因预测的验证;(3) ESTs与基因预测（ Blast数据库搜索）;(4) ESTs与SNP位点预测;(5) ESTs与基因表达谱的构建;(6) EST数据的不足;表达序列标签（EST）;1、cDNA文库的构建与EST数据的实验获取;EST技术流程;2、EST数据库;常用的EST数据库;（1）dbEST（database of EST） ;dbEST数据格式;在dbEST中检索数据;1）. 检索栏内输入关键词，如“HBB Human”;2）. 检索结果;3）. 检索结果的解读;（2）UniGene数据库 ;1）. 检索栏内输入关键词“HBB Human”;2）. 获得检索结果页面;3）. 检索结果解读;（3）Gene Indices数据库 ;3、EST数据分析方法;去除低质量的序列（如使用Phred） 应用BLAST、RepeatMasker或Crossmatch屏蔽数据组中不属于表达基因的赝象序列(artifactual sequences) ● 载体序列(/repository/vector) ●重复序列(RepBase，) ● 污染序列 (如核糖体RNA、细菌或其他物种的基因组DNA等) 去除其中的嵌合克隆 最后去除长度小于100bp的序列;聚类目的：将来自同一个基因或同一个转录本的具有重叠部分(over-lapping) 的ESTs整合至单一的簇(cluster)中 聚类作用： ● 产生较长的一致性序列(contigs) ，用于注释 ● 降低数据的冗余，纠正错误数据。 ● 可以用于检测选择性剪切。 ESTs聚类的数据库主要有三个： ● UniGene (/UniGene) ● TIGR Gene Indices (/tdb/tgi/ ) ● STACK (http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html );Phrap CAP3 TIGR Assembler Staden Package ; 4种ESTs聚类和拼接软件比较;（4）序列注释和分析;基因表达系列分析（SAGE）;一、SAGE技术原理简介;SAGE技术原理;二、SAGE技术方案;;三、SAGE技术应用前景;四、SAGE数据库与分析软件;1. NCBI SAGE数据库：GEO;GEO数据库查询：在EntreZ中查询;GEO数据库查询: 在GEO主页查询;例：查询GDS325数据集的结果;数据记录的相关信息;表达谱信息;GEO数据分析;Find genes ;Experiment design and Value distribution;GEO数据提交与更新;2. SAGEnet;/;3. The MOUSE SAGE Site; （二）SAGE分析软件;SAGE300;ATCG;;新一代高通量测序技术（RNA-seq）;高通量测序技术（High-throughput sequencing）是指能够一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，每一次序列测定的读长一般较短的测序技术。 高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)，足见其划时代的改变。同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deep sequencing)。;;高通