蛋白质工程02教材.ppt

第二章 蛋白质分子设计;蛋白质分子设计;蛋白质分子的特殊性;蛋白质工程与蛋白质设计;第一节 基于天然蛋白质结构的分子设计 ; 计算机模拟;蛋白质分子设计大致涉及的几个重要方面;蛋白质分子设计大致涉及的几个重要方面;计算机模拟技术在蛋白质设计循环中占有重要位置。建立蛋白质三维结构模型，确立突变位点或区域以及预测突变后的蛋白质的结构与功能对蛋白质工程是至关重要的。 在明确突变位点或蛋白质序列应改变的区域后，可以进行定位突变，但要得到具有预期结构与功能的蛋白质是不容易的，可能需要经过几轮的循环。 ;蛋白质三维结构知识的必要性;设计目标及解决办法; 设计目标;二、蛋白质设计原理 ;④ 疏水及亲水基团需要合理地分布在溶剂可及表面及不可及表面。 ⑤ 在金属蛋白中，配位残基的替换要满足金属配位几何。 ⑥ 对于金属蛋白，围绕金属中心的第二壳层中的相互作用是重要的。 ⑦ 最优的氨基酸侧链几何排列。 ⑧ 结构及功能的专一性。形成独特的结构，独特的分子间相互作用是生物相互作用及反应的标志。实践表明这是蛋白质设计最困难的问题。;三、蛋白质设计中的结构－功能关系研究;定位突变种类;定位突变的程序： 1、建立所研究蛋白的结构模型 2、找出对所要求的性质有重要影响的位置： -应确定对蛋白质折叠敏感的区域 -应确定对功能非常重要的位置（结构与功能、生化或蛋白质工程试验） -应考察剩余位置对所希望改变的影响 -当进行互换或插入删除残基时应考虑它们对结构特征的影响（疏水堆积、侧链取代、氢键、盐桥）;定位突变的程序;定位突变程序;定位突变残基的鉴定 1、根据结构信息确定残基的突变 2、突变方法鉴定突变功能残基 -引入另外一种突变 3、利用蛋白质同源性鉴定突变功能残基 保守残基 非保守残基是分析的靶位点，尤其是对于蛋白质专一性研究;突变蛋白质结构的评估;结构与功能的容忍度;四. 天然蛋白质的剪裁;第二节 全新蛋白质设计;蛋白质的全新设计内容;一、 蛋白质结构的从头设计－克服线性聚合链的构象熵： 掌握二级结构单元的结构知识； 了解氨基酸形成二级结构的倾向性 ;蛋白质结构的从头设计策略;4）在合成模板上的肽自组装： 环十聚体的模板是：乙酰基-Cys-Lys-Ala-Lys-Pro-Gly-Lys-Ala-Lys-Cys-酰胺 TASP模板－能够模拟单肽链不能模拟的天然蛋白性质（短的、孤立的肽一般不能作为抗原，他们在溶液中不稳定，在体内迅速降解） 卟啉模板－连接两亲螺旋的4条复制序列，形成稳定的球形结构，而且具有酶活性;蛋白质结构的从头设计策略; 二、蛋白质功能的全新设计;蛋白质的功能设计;第三节 计算蛋白质设计; 计算蛋白质设计包括： 能量表达（范德华力、共价键、氢键、 扭角、静电相互作用、溶剂效应）、 能量优化、 侧链构象的离散化、 残基分类(内核、表面、边界)、 功能位点设计、 专一性、 稳定性、 金属结合位点的设计（氨基酸残基嫁接） 稳健性;计算机蛋白质设计只是有效实验设计的一种方法，它不能代替分子生物学和蛋白质学实验； 蛋白质结构预测不能代替实际的蛋白质结构测定 蛋白质设计的成功与否，必须要有理论与实验的紧密结合;Introduction to Structural Biology: prediction, engineering, and design of protein structures ;Proteins can be made more stable by engineering;T4 lysozyme;T4 lysozyme (contd.);Tm (the melting temperature);Thermodynamic parameters obtained from DSC measurements;Determination of ?H and ?S from DSC;Thermal denaturation of a protein;Three methods to engineer a more thermostable protein than wildtype T4 lysozyme;Disulfide bridges increase protein stability;Disulfide bridges increase protein stability (contd.);Disulfide b