基因组分析-钟扬-复旦大学生命科学学院上海生物信息技术研究中心.ppt

基因组分析;基因组;1998/12/11 Science ;Distributions of predicted genes; EST matches; yeast protein similarities; and inverted, tandem, and TTAGGC repeats along each chromosome;基因注释步骤;;SCIENCE 291 (5507) 2001/2/16;26383条人类基因分子功能的分布 SCIENCE 291(5507) 2001/2/16;基因组与生物信息学;(A) Estimates of the composite parameter Neu for a phylogenetically diverse assemblage of species. (B) The relationship between estimated Neu, total gene number, and genome size. Data for prokaryotes are plotted in blue. The log-log regression of Neu versus genome size is highly significant, with an intercept of –1.30 ± 0.40, a slope of –0.55 ± 0.07, and r2 = 0.659, df = 28 . The number of species plotted differs between graphs because genome structure information is not available for all species with Neu estimates. ;基因组进化与进化基因组学;祖先基因;DNA 序列进化;基因组进化;Interchromosomal duplications;Gene duplication and loss;直系同源基因 在不同物种中有相同功能的同源基因，它是在物种形成过程中形成的;直系同源、并系同源;直系同源基因的检测; genome A;Schematic dendrogram explaining how orthology statements are derived. The absence of C.?elegans orthologs of Drosophila/chordate genes are significant because the complete C.?elegans genome can be searched; however, until other metazoan genomes are sequenced, the assignment of a new C.?elegans class is preliminary ;; 直系同源体簇(COG) 直系同源基因 (orthologous gene) 是指在不同物种之间同源相似的基因，而并系同源基因 (paralogous gene) 是指一个物种内的同源基因。 一个生物物种的基因组中，两个基因或开放读码在各自全长的60％以上范围内，同一性不少于30％时，称为同源体。例如，比较已完成测序的整个基因组所编码的蛋白质序列，可以发现反映不同物种间系统发育关系的直系同源体簇 (cluster of orthologous groups, COG)。 ;NCBI COG网页;真核生物中一个信号肽酶家族的COG (登录ID 0681);;;《物种起源》;Tree of Life;三域系统树;Searching “Tree of Life” in Science ;Searching “Tree of Life” in Nature ;;单系类群、并系类群、复系类群;内类群、外类群、姐妹群;有根树、无根树;标度树 (进化单位或时间);;(Hasegawa, 1998);Hasegawa, 1998;TreeBASE at Harvard Univerity;TreeBASE 的查询界面实例;???分子信息研究进化问题;两个分子系统发育分析实例;;;;;2003/6/13 Science; 来自不同种类猴子的两个病毒在非洲黑猩猩体内经重组后形成了引发人类艾滋病的SIV菌株 SIVcpz是通过来自红盖猴和花鼻猴的SIVs病毒不断地传播和重组的过程变成了起源于黑猩猩的SIVcpz的。黑猩猩捕食这两种猴子。这些猴子和黑猩猩在西部中非洲有重叠的活动区域。