噪声干扰下的生物基因调控网络滤波器的设计.pdfVIP

自动化技术与应用》 2016年第35卷第4期 通 信 与 信 息 处 理 Communication and Information Processing 噪声干扰下的生物基因调控网络 滤波器的设计 孙春霞 (山东科技大学电气与自动化工程学院 ，山东 青岛 266590) 摘 要 ：通过基因调控网络的设计 ，设计Kalman滤波器和H oo滤波器对受到内部噪声和外部噪声干扰的线性基因调控网络进行 滤波处理 ，并通过仿真分析比较这两种滤波器对生物基因调控网络的滤波能力。在实际问题中 ，很多情况下需要考虑有色 噪声干扰 ，本文针对在有色噪声干扰的情况下进行滤波仿真比较。 关键词 ：内部噪声 ；外部噪声 ；Kalman滤波器 ；H oo滤波器 ；有色噪声 中图分类号 ：TN7N763．1 文献标识码 ：A 文章编号 ：1003—7241(2016)04—0036—04 Design of Filter in Biological Gene Regulatory Network under the Noise SUN Chun．xia (College ofElectrical and Automation Engineering，Shandong University of Science and Technology,Qingdao 266590 China) Abstract：A good gene regulatory network，should has the ability to resist the efects on the cell function which includs the external environment change and internal gene mutation，etc．This paper is based on Kalman filtering theory and H—infinity filtering theory to design controller to filter treat the gene netw orks on the internal and extemal noise disturbance．Takes a practical example of simulation，to analyse and compare these tw o kinds of filters．In the actual gene netw orks，in many cases to consider colored noise，SO in this paper,designs controller to make it to filter for gene netw orks on the colored noise disturbance and simulate，analyse and compare these tw o kinds of filters． Keywords：interior noise；external noise；Kalman filter；H-infinity filter；colored noise 1 引言 人工基因电路在近些年被广泛应用于微生物的细胞 中，这些基本的电路由振荡器⋯、计时器 、开关器件[3-51、 半加器 等基本元件组合而成。从这些基本的基因电路 元件组成一个复杂的系统是基因电路设计和合成生物学 的一个重大进步。基因的表达是最基本的分子生物学行 为 ，基因表达包含非常复杂的生物化学反应 ，由于参加 反应的分子数量的限制 ，因此 ，这些生物基因电路具有 明显的随机性。随机性的来源包括内部噪声和外部噪声 。 本文用 Kalman滤波器和 H 滤波器 对外部噪声 和内部噪声进行滤波处理 ，经仿真举例研究发现当噪声 收稿 日期 ：2O1 5—06—01 为白噪声时 ，Kalman滤波器和 H co滤波器滤波效果基 本一致 ；当噪声为有色噪声 ，Kalman滤波器的滤波效 果波动起伏较大 ，而 H o滤波器的滤波效果更稳定的 ， 滤波效果更好。 2 受到外部噪声和内部噪声干扰下线 性生物基因调控网络的 KaIman滤波 器和 Hoo滤波器的设计 2．1 系统模型 在择数学模型中 ，化学方程式 是描述生物化学反 应的最本质和准确的数学模型 ，但是因为维数困难 ，一 般很难精确求解 ，并 目．在建模过程 中 ，需要知道所有基 通 信 与信 息 处 理 Communication and Information Processing 自动化技术与应用》 2016年第35卷第4期 本反应的细节 ，