A Primer on Python for Life Science Researchers 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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A Primer on Python for Life Science Researchers 英文参考文献.doc

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Education APrimeronPythonforLifeScience Researchers Sebastian Bassi orientedtonon-programmingstudents.Itssimplicityisa designchoice,madeinordertofacilitatethelearninganduse ofthelanguage.Anotheradvantagewell-suitedtonewcomers istheoptionalinteractivemodethatgivesimmediate feedbackofeachstatement,whichcertainlyencourages experimentation. TherearealsosomedrawbackstoPythonthatmustbe noted.First,executiontimeisslowerthanforcompiled languages.Second,therearefewernumericalandstatistical functionsavailablethaninspecializedtoolslikeRor MATLAB.(However,Numpymodule[3]providesseveral numericandmatrixmanipulationfunctionsforPython.)And third,PythonisnotaswidelyusedasJAVA,C,orPerl. Introduction T hisarticleintroducestheworldofthePython computerlanguage.Itisassumedthatreadershave somepreviousprogrammingexperienceinatleast onecomputerlanguageandarefamiliarwithbasicconcepts suchasdatatypes,?owcontrol,andfunctions. Tutorial Notations.Programfunctionsandreservedwordsare writteninboldtype,whileuser-de?nednamesareinitalics. Forcomputercode,amonospacedfontisused.Threeangle braces(...)areusedtoindicatethatacommandshouldbe executedinthePythoninteractiveconsole.Thelineshown aftertheuser-typedcommandistheresultofthatcommand. Theabsolutebasics.Pythoncanberuninscriptmode(like CandPerl),orusingitsbuilt-ininteractiveconsole(likeR andRuby).Theinteractiveconsoleprovidescommand-line editingandcommandhistory,althoughsome implementationsvaryinfeatures.Intheinteractivemode, thereisacommandpromptconsistingofthreeanglebraces (...). Scriptmodeisareliableandrepeatableapproachto runningmosttasks.Input?lenames,parametervalues,and codeversionnumbersshouldbeincludedwithinascript, allowingatasktoberepeated.Outputcanbedirectedtoa log?leforstorage.Theinteractiveconsoleisusedmostlyfor smalltasksandtesting. Pythoncanbeusedtosolveseveralproblemsthatresearch laboratoriesfacealmosteveryday.Datamanipulation, biologicaldataretrievalandparsing,automation,and simulationofbiologicalproblemsaresomeofthetasksthat canbepe