Allele-Specific Chromatin Immunoprecipitation Studies Show Genetic Influence on Chromatin State in Human Genome 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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Allele-Specific Chromatin Immunoprecipitation Studies Show Genetic Influence on Chromatin State in Human Genome 英文参考文献

Allele-SpecificChromatinImmunoprecipitation StudiesShowGeneticInfluence onChromatinStateinHumanGenome Mitsutaka Kadota1[,Howard H.Yang1[,Nan Hu2,Chaoyu Wang2,Ying Hu1,Philip R.Taylor2,Kenneth H.Buetow1, Maxwell P.Lee1* 1 Laboratory of Population Genetics, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, United States of America, 2GeneticEpidemiologyBranch,DivisionofCancerEpidemiologyandGenetics,NationalCancerInstitute,NationalInstitutesofHealth,Bethesda,Maryland,UnitedStatesof America Severalrecentstudieshaveshownageneticinfluenceongeneexpressionvariation,includingvariationbetweenthe two chromosomes within an individual and variation between individuals at the population level. We hypothesized thatgeneticinheritancemayalsoaffectvariationinchromatinstates.Totestthishypothesis,weanalyzedchromatin statesin12lymphoblastoidcellsderivedfromtwoCentred’EtudeduPolymorphismeHumainfamiliesusinganallele- specificchromatinimmunoprecipitation(ChIP-on-chip)assaywithAffymetrix10KSNPchip.Weperformedtheallele- specificChIP-on-chipassaysforthe12lymphoblastoidcellsusingantibodiestargetingatRNApolymeraseIIandfive post-translationmodifiedformsofthehistoneH3protein.TheuseofmultiplecelllinesfromtheCentred’Etudedu PolymorphismeHumainfamiliesallowedustoevaluatevariationofchromatinstatesacrosspedigrees.Thesestudies demonstrated that chromatin state clustered by family. Our results support the idea that genetic inheritance can determinetheepigeneticstateofthechromatinasshownpreviouslyinmodelorganisms.Toourknowledge,thisisthe first demonstration in humans that genetics may be an important factor that influences global chromatin state mediatedbyhistonemodification,thehallmarkoftheepigeneticphenomena. Citation:KadotaM,YangHH,HuN,WangC,HuY,etal(2007)Allele-specificchromatinimmunoprecipitationstudiesshowgeneticinfluenceonchromatinstateinhuman genome.PLoSGenet3(5):e81.doi:10.1371/journal.pgen.0030081 canbemaintainedthroughmitoticcelldivis