An Exhaustive, Non-Euclidean, Non-Parametric Data Mining Tool for Unraveling the Complexity of Biological Systems – Novel Insights into Malaria 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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An Exhaustive, Non-Euclidean, Non-Parametric Data Mining Tool for Unraveling the Complexity of Biological Systems – Novel Insights into Malaria 英文参考文献.doc

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An Exhaustive, Non-Euclidean, Non-Parametric Data Mining Tool for Unraveling the Complexity of Biological Systems – Novel Insights into Malaria 英文参考文献

AnExhaustive,Non-Euclidean,Non-ParametricData MiningToolforUnravelingtheComplexityofBiological Systems–NovelInsightsintoMalaria CheikhLoucoubar1,2,3,RichardPaul1,AvnerBar-Hen2,4,AugustinHuret5,AdamaTall3,CheikhSokhna6, Jean-Franc?oisTrape6,AliouneBadaraLy3,JosephFaye3,AbdoulayeBadiane3,GaoussouDiakhaby3, FatoumataDie`neSarr3,AliouDiop7,AnavajSakuntabhai1,8*,Jean-Franc?oisBureau1 1Institut Pasteur, Unite′ de Pathoge′nie Virale, Paris, France, 2Laboratoire de Mathe′matiques Applique′es Paris 5 (UMR 8145), Universite′ Paris Descartes, Paris, France, 3Unite′ d’E′pide′miologie des Maladies Infectieuses (UR 172), Institut Pasteur de Dakar, Dakar, Se′ne′gal, 4Ecole des Hautes Etudes en Sante′ Publique, Rennes, France, 5Institute of Health and Science, Paris, France, 6Unite′ de Paludologie Afro-Tropicale (UMR 198), Institut de Recherche pour le De′veloppement, Dakar, Se′ne′gal, 7Laboratoired’E′tudesetdeRechercheenStatistiqueetDe′veloppement,UGB,Saint-Louis,Se′ne′gal,8CenterofExcellenceforVectorsandVector-BorneDiseases,Faculty ofScience,MahidolUniversity,Bangkok,Thailand Abstract Complex,high-dimensionaldatasetsposesignificantanalyticalchallengesinthepost-genomicera.Suchdatasetsarenot exclusive to genetic analyses and are also pertinent to epidemiology. There has been considerable effort to develop hypothesis-freedataminingandmachinelearningmethodologies.However,currentmethodologieslackexhaustivityand general applicability. Here we use a novel non-parametric, non-euclidean data mining tool, HyperCubeH, to explore exhaustivelyacomplexepidemiologicalmalariadatasetbysearchingforoverdensityofeventsinm-dimensionalspace. Hotspotsofoverdensitycorrespondtostringsofvariables,rules,thatdetermine,inthiscase,theoccurrenceofPlasmodium falciparum clinical malaria episodes. The data set contained 46,837 outcome events from 1,653 individuals and 34 explanatoryvariables.Thebestpredictiverulecontained1,689eventsfrom148individualsandwasdefinedas:individuals present during 1992–2003, aged 1–5 y