Applying Microsatellite Multiplex PCR Analysis (MMPA) for Determining Allele Copy-Number Status and Percentage of Normal Cells within Tumors 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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Applying Microsatellite Multiplex PCR Analysis (MMPA) for Determining Allele Copy-Number Status and Percentage of Normal Cells within Tumors 英文参考文献.doc

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Applying Microsatellite Multiplex PCR Analysis (MMPA) for Determining Allele Copy-Number Status and Percentage of Normal Cells within Tumors 英文参考文献

ApplyingMicrosatelliteMultiplexPCRAnalysis(MMPA) forDeterminingAlleleCopy-NumberStatusand PercentageofNormalCellswithinTumors CarlesGarcia-Linares1,JaumeMercade′1,BernatGel1,JosepBiayna1,ErnestTerribas1,ConxiLa′zaro2, EduardSerra1* 1InstituteofPredictiveandPersonalizedMedicineofCancer(IMPPC),Badalona,Barcelona,Spain,2ProgramadeDiagno`sticMoleculardeCa`ncerHereditari,Laboratoride RecercaTranslacional,InstitutCatala` d’Oncologia(ICO)–IDIBELL,L’HospitaletdeLlobregat,Barcelona,Spain Abstract Thestudyofsomaticgeneticalterationsintumorscontributestotheunderstandingandmanagementofcancer.Genetic alterations,suchuscopynumberorcopyneutralchanges,generateallelicimbalances(AIs)thatcanbedeterminedusing polymorphicmarkers.Herewereportthedevelopmentofasimplesetofcalculationsforanalyzingmicrosatellitemultiplex PCRdatafromcontrol-tumorpairsthatallowsustoobtainaccurateinformationnotonlyregardingtheAIstatusoftumors, butalsothepercentageoftumor-infiltratingnormalcells,thelocuscopy-numberstatusandthemechanisminvolvedinAI. Wevalidatedthisnewapproachbyre-analyzingasetofNeurofibromatosistype1-associateddermalneurofibromasand comparingnewlygenerateddatawithresultsobtainedforthesametumorsinapreviousstudyusingMLPA,ParalogRatio Analysis and SNP-array techniques. Microsatellite multiplex PCR analysis (MMPA) should be particularly useful for analyzingspecificregionsofthegenomecontainingtumorsuppressorgenesandalsofordeterminingthepercentageof infiltratingnormalcellswithintumorsallowingthemtobesortedbeforetheyareanalyzedbymoreexpensivetechniques. Citation:Garcia-LinaresC,Mercade′J,GelB,BiaynaJ,TerribasE,etal.(2012)ApplyingMicrosatelliteMultiplexPCRAnalysis(MMPA)forDeterminingAlleleCopy- NumberStatusandPercentageofNormalCellswithinTumors.PLoSONE7(8):e42682.doi:10.1371/journal.pone.0042682 Editor:Jo¨rgD.Hoheisel,DeutschesKrebsforschungszentrum,Germany ReceivedDecember20,2011;AcceptedJuly11,2012;PublishedAugust15,2012 Copyright:?2012Garcia-Linaresetal.Thisisanopen-accessarticledistributedunderthet