Evaluation of a Multicore-Optimized Implementation for Tomographic Reconstruction 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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Evaluation of a Multicore-Optimized Implementation for Tomographic Reconstruction 英文参考文献.doc

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Evaluation of a Multicore-Optimized Implementation for Tomographic Reconstruction 英文参考文献

EvaluationofaMulticore-OptimizedImplementationfor TomographicReconstruction Jose-IgnacioAgulleiro1,Jose′ Jesu′sFerna′ndez2* 1SupercomputingandAlgorithmsgroup,UniversityofAlmer?′a,Almer?′a,Spain,2NationalCentreforBiotechnology,NationalResearchCouncil(CNB-CSIC),Madrid,Spain Abstract Tomography allows elucidation of the three-dimensional structure of an object from a set of projection images. In life sciences,electronmicroscopetomographyisprovidinginvaluableinformationaboutthecellstructureataresolutionof afewnanometres.Here,largeimagesarerequiredtocombinewidefieldsofviewwithhighresolutionrequirements.The computationalcomplexityofthealgorithmsalongwiththelargeimagesizethenturnstomographicreconstructioninto acomputationallydemandingproblem.Traditionally,high-performancecomputingtechniqueshavebeenappliedtocope with such demands on supercomputers, distributed systems and computer clusters. In the last few years, the trend has turnedtowardsgraphicsprocessingunits(GPUs).Herewepresentadetaileddescriptionandathoroughevaluationofan alternativeapproachthatreliesonexploitationofthepoweravailableinmodernmulticorecomputers.Thecombinationof single-corecodeoptimization,vectorprocessing,multithreadingandefficientdiskI/Ooperationssucceedsinprovidingfast tomographicreconstructionsonstandardcomputers.TheapproachturnsouttobecompetitivewiththefastestGPU-based solutionsthusfar. Citation: Agulleiro J-I, Ferna′ndez JJ (2012) Evaluation of a Multicore-Optimized Implementation for Tomographic Reconstruction. PLoS ONE 7(11): e48261. doi:10.1371/journal.pone.0048261 Editor:FriedrichFrischknecht,UniversityofHeidelbergMedicalSchool,Germany ReceivedJuly18,2012;AcceptedSeptember20,2012;PublishedNovember6,2012 Copyright:?2012Agulleiro,Ferna′ndez.Thisisanopen-accessarticledistributedunderthetermsoftheCreativeCommonsAttributionLicense,whichpermits unrestricteduse,distribution,andreproductioninanymedium,providedtheoriginalauthorandsourcearecredited. Funding: Funding provided by the Spanish Ministry of