Functional Classification Using Phylogenomic Inference 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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Functional Classification Using Phylogenomic Inference 英文参考文献.doc

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Functional Classification Using Phylogenomic Inference 英文参考文献

Education FunctionalClassification UsingPhylogenomicInference Duncan Brown, Kimmen Sjo¨lander* functionssimplyduetotheirpresenceinverydivergently relatedspecies. P hylogenomicinferenceofprotein(orgene)function attemptstoaddressthequestion,‘‘Whatfunctiondoes thisproteinperform?’’inanevolutionarycontext.As Phylogenomicanalysis,properlyapplied,avoidsthese errorsandprovidesamechanismfordetectingexisting databaseannotationerrors[3,7].Whythenisphylogenomic inferencenotusedmorewidely?Webelievethisisduetofour reasons.First,theactualfrequencyofannotationerrorisnot known,sothegravityofthesituationisnotrecognized. Second,phylogenomicinferenceisamuchmorecomplicated endeavorthanasimpledatabasesearchandrequires signi?cantlymoreexpertiseandcomputingresources.Itis thereforenoteasilyappliedatthegenomescale.Third, millionsofdollarsandyearsofefforthavebeenpouredinto developingcomputationalannotationsystemsthatdepend onannotationtransferfromtopdatabasehits,perhaps overlaidwithdomainpredictionmethodssuchasPFAMor theNCBICDD[11,12].Fourth,phylogenomicapproachesto proteinfunctionpredictionhavearisenonlyinthelastfew years,whiledatabasesearchmethodshavebeenavailablefor muchlonger.Revolutionsdonotnormallytakeplace overnight.Thesefourreasonsresultinphylogenomic inferencebeingappliedonaone-offbasis,forafewprotein superfamilieshereandthere. originallyoutlinedbyJonathanEisen[1–3],phylogenomic inferenceofproteinfunctionisamultistepprocessinvolving selectionofhomologs,multiplesequencealignment(MSA), andphylogenetictreeconstruction;overlayingannotations onthetreetopology;discriminatingbetweenorthologsand paralogs;and—?nally—inferringthefunctionofaprotein basedontheorthologsidenti?edbythisprocessandthe annotationsretrieved.Figure1showsanexampleofusing annotatedsubfamilygroupingstoinferfunction,inamanner similarto[1].Oneofus,whileatCeleraGenomics,separately cameupwithasimilarapproachforthefunctional classi?cationofthehumangenome[4],basedonthe automatedidenti?cationoffunctionalsubfamiliesusingthe SCI