Optimal selection of epitopes for TXP-immunoaffinity mass spectrometry 英文参考文献.docVIP

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2017-05-12 发布于上海
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Optimal selection of epitopes for TXP-immunoaffinity mass spectrometry 英文参考文献.doc

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Optimal selection of epitopes for TXP-immunoaffinity mass spectrometry 英文参考文献

Planatscheretal.AlgorithmsforMolecularBiology2010,5:28 /content/5/1/28 RESEARCH OpenAccess OptimalselectionofepitopesforTXP- immunoaffinitymassspectrometry HannesPlanatscher1*,JochenSupper1,4,OliverPoetz2,DieterStoll3,ThomasJoos2,MarkusFTemplin2, AndreasZell1 Abstract Background:Massspectrometry(MS)basedproteinprofilinghasbecomeoneofthekeytechnologiesin biomedicalresearchandbiomarkerdiscovery.OnebottleneckinMS-basedproteinanalysisissamplepreparation andanefficientfractionationsteptoreducethecomplexityofthebiologicalsamples,whicharetoocomplexto beanalyzeddirectlywithMS.Samplepreparationstrategiesthatreducethecomplexityoftrypticdigestsbyusing immunoaffinitybasedmethodshaveshowntoleadtoasubstantialincreaseinthroughputandsensitivityinthe proteomicmassspectrometryapproach.Thelimitationofusingsuchimmunoaffinity-basedapproachesisthe availabilityoftheappropriatepeptidespecificcaptureantibodies.Recentdevelopmentsintheseapproaches, wheresubsetsofpeptideswithshortidenticalterminalsequencescanbeenrichedusingantibodiesdirected againstshortterminalepitopes,promiseasignificantgaininefficiency. Results:Weshowthattheminimalsetofterminalepitopesforthecoverageofatargetproteinlistcanbefound bytheformulationasasetcoverproblem,precededbyafilteringpipelinefortheexclusionofpeptidesandtarget epitopeswithundesirableproperties. Conclusions:Forsmalldatasets(afewhundredproteins)itispossibletosolvetheproblemtooptimalitywith moderatecomputationaleffortusingcommercialorfreesolvers.Largerdatasets,likefullproteomesrequiretheuse ofheuristics. Background Massspectrometry allows aparallel, high-throughput Mass spectrometry (MS) based protein profiling has detection of a mixture containing a limited number of become one of the key technologies in biomedical peptides [1-3]. For qualitative and quantitative protein researchandbiomarkerdiscovery.Contrarytotheana- profiling of a complex sample time-consuming sample lysisofmRNAprofiles,thescreeningofproteinexpres- fractionation steps such as