Protein Aggregation Profile of the Bacterial Cytosol 英文参考文献.docVIP

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2017-05-12 发布于上海
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Protein Aggregation Profile of the Bacterial Cytosol 英文参考文献.doc

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Protein Aggregation Profile of the Bacterial Cytosol 英文参考文献

ProteinAggregationProfileoftheBacterialCytosol NataliaS.deGroot,SalvadorVentura* DepartamentdeBioqu?′micaiBiologiaMolecular,UniversitatAuto`nomadeBarcelona,Barcelona,Spain Abstract Background:Proteinmisfoldingisusuallydeleteriousforthecell,eitherasaconsequenceofthelossofproteinfunctionor thebuildupofinsolubleandtoxicaggregates.Theaggregationbehaviorofagivenpolypeptideisstronglyinfluencedby theintrinsicpropertiesencodedinitssequence.Thishasallowedthedevelopmentofeffectivecomputationalmethodsto predictproteinaggregationpropensity. Methodology/PrincipalFindings:Here,weusetheAGGRESCANalgorithmtoapproximatetheaggregationprofileofan experimental cytosolic Escherichia coli proteome. The analysis indicates that the aggregation propensity of bacterial proteinsisassociatedwiththeirlength,conformation,location,function,andabundance.Thedataareconsistentwiththe predictionsofotheralgorithmsondifferenttheoreticalproteomes. Conclusions/Significance: Overall, the study suggests that the avoidance of protein aggregation in functional environments acts as a strong evolutionary constraint on polypeptide sequences in both prokaryotic and eukaryotic organisms. Citation:deGrootNS,VenturaS(2010)ProteinAggregationProfileoftheBacterialCytosol.PLoSONE5(2):e9383.doi:10.1371/journal.pone.0009383 Editor:HilalLashuel,SwissFederalInstituteofTechnologyLausanne,Switzerland ReceivedOctober25,2009;AcceptedJanuary30,2010;PublishedFebruary25,2010 Copyright:?2010deGroot,Ventura.Thisisanopen-accessarticledistributedunderthetermsoftheCreativeCommonsAttributionLicense,whichpermits unrestricteduse,distribution,andreproductioninanymedium,providedtheoriginalauthorandsourcearecredited. Funding:ThisworkwassupportedbygrantsBIO2007-68046-C02-02fromMinisteriodeCienciayInnovacio′n(Spain)and2009-SGR-760fromAge`ncia deGestio′ d’AjutsUniversitarisideRecerca(GeneralitatdeCatalunya).NSdGwasbeneficiaryofaFormacio′ndelPersonalInvestigadorfellowshipawardedbytheMinisterio deCienciayInnovacio′n(Spain).Thefundersha