Pyrosequencing for Mini-Barcoding of Fresh and Old Museum Specimens 英文参考文献.docVIP

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2017-05-12 发布于上海
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Pyrosequencing for Mini-Barcoding of Fresh and Old Museum Specimens 英文参考文献.doc

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Pyrosequencing for Mini-Barcoding of Fresh and Old Museum Specimens 英文参考文献

PyrosequencingforMini-BarcodingofFreshandOld MuseumSpecimens ShadiShokralla1*,XinZhou1,DanielH.Janzen2,WinnieHallwachs2,Jean-Franc?oisLandry3,LukeM. Jacobus4,MehrdadHajibabaei1 1BiodiversityInstituteofOntario,DepartmentofIntegrativeBiology,UniversityofGuelph,Guelph,Ontario,Canada,2DepartmentofBiology,UniversityofPennsylvania, Philadelphia,Pennsylvania,UnitedStatesofAmerica,3ResearchCentre,AgricultureandAgri-FoodCanada,Ottawa,Ontario,Canada,4DepartmentofBiology,Indiana University,Bloomington,Indiana,UnitedStatesofAmerica Abstract DNAbarcodingisaneffectiveapproachforspeciesidentificationandfordiscoveryofnewand/orcrypticspecies.Sanger sequencing technology is the method of choice for obtaining standard 650bp cytochrome c oxidase subunit I (COI) barcodes.However,DNAdegradation/fragmentationmakesitdifficulttoobtainafull-lengthbarcodefromoldspecimens. Mini-barcodesof130bpfromthestandardbarcoderegionhavebeenshowntobeeffectiveforaccurateidentificationin many animal groups and may be readily obtained from museum samples. Here we demonstrate the application of an alternativesequencingtechnology,thefour-enzymessingle-specimenpyrosequencing,inrapid,cost-effectivemini-barcode analysis.Wewereabletogeneratesequencesofupto100bpfrommini-barcodefragmentsofCOIin135freshand50old Lepidopteraspecimens(rangingfrom53–97year-old).Thesequencesobtainedusingpyrosequencingwereofhighquality andwewereabletorobustlymatchallthetestedpyro-sequencedsamplestotheirrespectiveSanger-sequencedstandard barcodesequences,whereavailable.Simplicityoftheprotocolandinstrumentationcoupledwithhigherspeedandlower cost per sequence than Sanger sequencing makes this approach potentially useful in efforts to link standard barcode sequencesfromunidentifiedspecimenstoknownmuseumspecimenswithonlyshortDNAfragments. Citation:ShokrallaS,ZhouX,JanzenDH,HallwachsW,LandryJ-F,etal.(2011)PyrosequencingforMini-BarcodingofFreshandOldMuseumSpecimens.PLoS ONE6(7):e21252.doi:10.1371/journal.pone.0021252 Editor:Sergios-OrestisKoloko