Simulating a base population in honey bee for molecular genetic studies 英文参考文献.docVIP

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2017-05-13 发布于上海
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Simulating a base population in honey bee for molecular genetic studies 英文参考文献

Guptaetal.GeneticsSelectionEvolution2012,44:14 /content/44/1/14 G enetics Selection Evolution SOFTWARE OpenAccess Simulatingabasepopulationinhoneybeefor moleculargeneticstudies PoojaGupta1,2*,TimConrad2,AndreasSp?tter1,NorbertReinsch3andKasparBienefeld1 Abstract Background:Overthepastyears,reportshaveindicatedthathoneybeepopulationsaredecliningandthatinfestation byanecto-parasiticmite(Varroadestructor)isoneofthemaincauses.Selectivebreedingofresistantbeescanhelpto preventlossesduetotheparasite,butitrequiresthatarobustbreedingprogramandgeneticevaluationare implemented.Genomicselectionhasemergedasanimportanttoolinanimalbreedingprogramsandsimulation studieshaveshownthatityieldsmoreaccuratebreedingvalueestimates,highergeneticgainandlowratesof inbreeding.Sincegenomicselectionreliesonmarkerdata,simulationsconductedonagenomicdatasetarea pre-requisitebeforeselectioncanbeimplemented.Althoughgenomicdatasetshavebeensimulatedinotherspecies undergoinggeneticevaluation,simulationofagenomicdatasetspecifictothehoneybeeisrequiredsincethisspecies hasadistinctgeneticandreproductivebiology.Oursoftwareprogramwasaimedatconstructingabasepopulationby simulatingarandommatinghoneybeepopulation.Aforward-timepopulationsimulationapproachwasappliedsince itallowsmodelingofgeneticcharacteristicsandreproductivebehaviorspecifictothehoneybee. Results:Oursoftwareprogramyieldedagenomicdatasetforabasepopulationinlinkagedisequilibrium.Inaddition, informationwasobtainedon(1)thepositionofmarkersoneachchromosome,(2)allelefrequency,(3)χ2statisticsfor Hardy-Weinbergequilibrium,(4)asortedlistofmarkerswithaminorallelefrequencylessthanorequaltotheinputvalue, (5)averager2valuesoflinkagedisequilibriumbetweenallsimulatedmarkerlocipairforallgenerationsand(6)averager2 valueoflinkagedisequilibriuminthelastgenerationforselectedmarkerswiththehighestminorallelefrequency. Conclusion:Wedevelopedasoftwareprogramthattakesintoaccountthegeneticandreproductivebiologyspecificto thehoneybeeandthatcanbeusedtoconstituteagenomicdat