Transcript profiling reveals expression differences in wild-type and glabrous soybean lines 英文参考文献.docVIP

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2017-05-16 发布于上海
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Transcript profiling reveals expression differences in wild-type and glabrous soybean lines 英文参考文献.doc

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Transcriptprofilingrevealsexpressiondifferences inwild-typeandglabroussoybeanlines Huntetal. Huntetal.BMCPlantBiology2011,11:145 /1471-2229/11/145(26October2011) Huntetal.BMCPlantBiology2011,11:145 /1471-2229/11/145 RESEARCH ARTICLE OpenAccess Transcriptprofilingrevealsexpressiondifferences inwild-typeandglabroussoybeanlines MattHunt1,3?,NavneetKaur1?,MartinaStromvik2andLilaVodkin1* Abstract Background:Trichomehairsaffectdiverseagronomiccharacterssuchasseedweightandyield,preventinsect damageandreducelossofwaterbuttheirmolecularcontrolhasnotbeenextensivelystudiedinsoybean.Several detailedmodelsfortrichomedevelopmenthavebeenproposedforArabidopsisthaliana,buttheirapplicabilityto importantcropssuchascottonandsoybeanisnotfullyknown. Results:Twohighthroughputtranscriptsequencingmethods,DigitalGeneExpression(DGE)TagProfilingand RNA-Seq,wereusedtocomparethetranscriptionalprofilesinwild-type(cv.Clarkstandard,CS)andamutant(cv. Clarkglabrous,i.e.,trichomelessorhairless,CG)soybeanisolinethatcarriesthedominantP1allele.DGEdataand RNA-SeqdataweremappedtothecDNAs(Glymamodels)predictedfromthereferencesoybeangenome, Williams82.Extendingthemodellengthby250bpatbothendsresultedinsignificantlymorematchesof authenticDGEtagsindicatingthatmanyofthepredictedgenemodelsareprematurelytruncatedatthe5’and3’ UTRs.Thegenome-widecomparativestudyofthetranscriptprofilesofthewild-typeversusmutantlinerevealeda numberofdifferentiallyexpressedgenes.Onehighly-expressedgene,Glyma04g35130,inwild-typesoybeanwasof interestasithashighhomologytothecottongeneGhRDL1genethathasbeenidentifiedasbeinginvolvedin cottonfiberinitiationandisamemberoftheBURPproteinfamily.SequencecomparisonofGlyma04g35130 amongWilliams82withoursequencesderivedfromCSandCGisolinesrevealedvariousSNPsandindels includingadditionofonenucleotideCintheCGandinsertionof~60bpinthethirdexonofCSthatcausesa frameshiftmutationandprematuretruncationofpeptidesinbothlinesascomparedtoWilliams82. Conclusion:AlthoughnotacandidatefortheP1locus,aBURPfamilym