Transfer RNA modifications and genes for modifying enzymes in Arabidopsis thaliana 英文参考文献.docVIP

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2017-05-16 发布于上海
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Transfer RNA modifications and genes for modifying enzymes in Arabidopsis thaliana 英文参考文献.doc

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Transfer RNA modifications and genes for modifying enzymes in Arabidopsis thaliana 英文参考文献

Chenetal.BMCPlantBiology2010,10:201 /1471-2229/10/201 RESEARCH ARTICLE OpenAccess TransferRNAmodificationsandgenesfor modifyingenzymesinArabidopsisthaliana PengChen1,2,GunillaJ?ger3,BoZheng2* Abstract Background:Inalldomainsoflife,transferRNA(tRNA)moleculescontainmodifiednucleosides.Modificationsto tRNAsaffecttheircodingcapacityandinfluencecodon-anticodoninteractions.Nucleosidemodificationdeficiencies haveadiverserangeofeffects,fromdecreasedvirulenceinbacteria,neuralsystemdiseaseinhuman,andgene expressionandstressresponsechangesinplants.ThepurposeofthisstudywastoidentifygenesinvolvedintRNA modificationinthemodelplantArabidopsisthaliana,tounderstandthefunctionofnucleosidemodificationsin plantgrowthanddevelopment. Results:Inthisstudy,weestablishedamethodforanalyzingmodifiednucleosidesintRNAsfromthemodelplant species,Arabidopsisthalianaandhybridaspen(Populustremula×tremuloides).21modifiednucleosidesintRNAs wereidentifiedinbothspecies.ToidentifythegenesresponsiblefortheplanttRNAmodifications,weperformed globalanalysisoftheArabidopsisgenomeforcandidategenes.Basedontheconserveddomainsofhomologsin SacccharomycescerevisiaeandEscherichiacoli,morethan90geneswerepredictedtoencodetRNAmodifying enzymesintheArabidopsisgenome.TranscriptaccumulationpatternsforthegenesinArabidopsisandthe phylogeneticdistributionofthegenesamongdifferentplantspecieswereinvestigated.Transcriptsforthemajority oftheArabidopsiscandidategeneswerefoundtobemostabundantinrosetteleavesandshootapices.Whereas mostofthetRNAmodifyinggenefamiliesidentifiedintheArabidopsisgenomewasfoundtobepresentinother plantspecies,therewasabigvariationinthenumberofgenespresentforeachfamily. Throughalossoffunctionmutagenesisstudy,weidentifiedfivetRNAmodificationgenes(AtTRM10,AtTRM11, AtTRM82,AtKTI12andAtELP1)responsibleforfourspecificmodifiednucleosides(m1G,m2G,m7Gandncm5U), respectively(twogenes:AtKTI12andAtELP1identifiedforncm5Umodification).TheAtTRM11mutantexhibitedan early-floweringphenotype,andtheAtELP1mutanthadnarrowleave