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Chignolin蛋白的高压变性研究 王贞营 (德州学院物理系，山东德州253023) 摘 要：随着计算机模拟技术的发展，本文利用GROMACS软件，对Chignolin在2000bar和10000bar两个压强下进行的独立的分子动力学模拟，以揭示压强对蛋白质去折叠（变性）的影响并探讨其机理。通过分析模拟结果发现：Chignolin蛋白在高温下RMSD最大时去折叠程度明显不同;小蛋白随着压强的增加其折叠与去折叠过程有一个反复阶段;高压下的蛋白质去折叠不是完全折叠;高压对Chignolin的构象影响较大，变性明显，甚至出现了完全去折叠的情况。 关键词:Chignolin； 分子动力学模拟； 去折叠； 高压 Study of High Pressure Induced Denaturation of Miniprotein Chinolin Wang Zhenying (Department of Physics ,Dezhou University,Dezhou,253023) Abstract：Along with the computer simulation technology development, in this paper the computer simulation of Chignolin protein unfolding is made by GROMACS in 2000bar and 10000 bar two intensities of pressure, promulgates the intensity of pressure folds (denaturation) to the protein the influence and discusses its mechanism. Discovered through the analysis analogue result that ,Chignolin protein when high temperature RMSD biggest obviously folds the degree to be different; The small protein folds along with intensity of pressure increase it with folds the process to have are lapse stage; Under the high-pressured protein folds is not completely folds. High pressure to Chignolin conformation influence bigger, the denaturation is obvious, even had the situation which completely folds. Keywords：Chignolin ; Molecular dynamics simulation; Unfolding ; High pressure 1 绪论 蛋白质是一切生命活动的主要物质基础，结构决定其功能。蛋白质折叠和去折叠问题是当前生物信息学、生物物理学等生命科学领域面临的一项长期而具有极其重要地位的课题。其重要任务之一便是通过施加外界驱动力（如温度，压强，机械力等）来致使蛋白质变性，通过研究其去折叠过程探索蛋白质的折叠和去折叠机制。近年来随着实验手段和计算机水平的不断提高，许多实验仪器和理论方法被用来研究蛋白质的折叠和去折叠过程。从实验上研究蛋白质高压去折叠存在着各种问题,如时间周期长，设备复杂、昂贵；且技术难度大等，无法在原子层次和飞秒分辨率下进行研究。用计算机模拟的理论方法研究蛋白质的高压去折叠是实验研究的有利补充，可以在原子层次和很高的时间分辨率上研究实验无法实现的新现象，对实验研究有重要的指导作用。分子动力学模拟可以从原子水平和飞秒分辨率上研究蛋白质的高压去折叠，这一点目前实验上无法实现。目前对蛋白质折叠的研究采取的策略之一就是用加速去折叠过程来研究蛋白质的折叠问题。蛋白质去折叠可以通过诱导变性条件加速其进程，这样可以对蛋白质构象膨胀的早期阶段进行观察，而这种过程在一定程度上反映了蛋白质的折叠过程[1] 。蛋白质高压去折叠（变性）的研究是当今蛋白质工程中还未完全解决的一项重要内容。对温度导致去折叠过程已经进行了广泛的研究,而对压强导致蛋白质去折叠（变性）的研究相对较少，仅做了少量的模拟研究。 2蛋白质和分子动力学模拟原理 2．1 蛋白质 蛋白质是一类重要的生物大分子，在体内占有特殊的地位，是生命活动的主要承担者，是生命现象的主要物质基础。它是由一系列?-氨基酸通过缩水过程而