分子生物学第2章基因与基因组.pptVIP

第二章 原核与真核生物的基因组 教学目的和要求 1. 掌握基因、基因组、断裂基因、基因家族、内含子、外显子等基本概念。 2. 掌握原核生物与真核生物基因组的结构特点。 3. 理解基因组复杂度。 第1节 基因与基因组 一、核酸的特性 二、 基因的概念 三、基因的命名 四、基因组 一、核酸的特性 紫外吸收 减色效应/增色效应 核酸定量 DNA纯度 热变性 复性 UV absorption 紫外吸收 芳香族碱基 DNA和RNA的最大吸收峰为260nm 应用: 检测, 定量, 纯度估计 核酸定量 消光系数: 1 mg/ml dsDNA has an A260 of 20 (OD1=50ug/ml) ssDNA and RNA=25 (OD1=40ug/ml) DNA(RNA)浓度(ug/ml)＝OD260×50ug/ml(40ug/ml) ×稀释倍数 A260值是所有不同碱基对光吸收的总和。 由于减色效应，光吸收值也取决给定分子的二级结构的数量 Tm：变性过程紫外线吸收值增加到中点时的温度称为融解温度。 影响因素：G+C含量，pH值，离子强度，尿素，甲酰胺等 DNA： Tm=69.3+0.41 (G+C) % 基因（gene）：原核生物、真核生物以及病毒的DNA和RNA分子中具有遗传效应的核苷酸序列，是遗传的基本单位。 四、基因组 1. 基因组的概念 是指一种生物体中的整套遗传信息，一般为一个受精卵或一个体细胞的细胞核中所有DNA分子的总和。 一特定生物体的整套(单倍体)遗传物质的总和。 基因组的大小用全部DNA的碱基对总数表示。 每种真核生物的单倍体基因组中的全部DNA量称为C值 (C-Value)。 一、原核生物基因组的特点 拟核（类核）结构；基因组相对较小，由DNA组成，包括染色体DNA和质粒DNA两种DNA分子，均为共价闭环双链。染色体DNA为单拷贝 存在多顺反子结构；功能相关的基因常常组织形成操纵子结构，操纵子结构是原核基因组的一个突出的结构特点。 除RNA基因外，基本是单拷贝的； 利于核糖体的快速组装，短时间内合成 大量核糖体。 结构基因通常为连续基因，非编码区和重复序列少； 存在不同的功能识别区，每个DNA分子（染色体DNA和质粒DNA）只有一个复制起始点。 复制起始区、复制终止区等 含可转移的序列，如插入序列、转座子等。 Negatively supercoiled (负超螺旋) as a whole 一、真核生物基因组特点： 真核生物基因组DNA与蛋白质结合形成染色体，储存于细胞核内，体细胞是双倍体（diploid），即有两份同源的基因组。 真核细胞基因转录产物为单顺反子。　　 存在重复序列，重复次数可达百万次以上。 基因组中不编码的区域多于编码区域。 大部分基因含有内含子，因此，基因是不连续的。 基因组远远大于原核生物的基因组，具有许多复制起点，而每个复制子的长度较小。 二、 基因组的复杂度 Genomic DNA extraction ? Sonication or shearing to a uniform size (x 100-1000 bp) ? Thermal Denaturation ? Re-annealing Measure plotting the re-annealing process will yield kinetics 二、 基因组的复杂度 1) 据基因组重复次数高低： 重复序列 Unique sequence DNA单一序列DNA 复性最慢 在基因组中有一个或几个拷贝。真核生物的大多数基因在单倍体中都是单拷贝的。如：蛋清蛋白、血红蛋白等) 单一序列中储存了巨大的遗传信息，编码各种不同功能的蛋白质。 moderately repetitive DNA中度重复序列 中度重复序列是指在基因组中重复十几次至几十万次的部分，其复性速度快于单拷贝序列，但慢于高度重复序列。 中度重复序列在基因组中所占比例在不同种属之间差异很大，一般为12～35%，人类基因组中约占12%。 moderately repetitive DNA中度重复序列 Tandem gene clusters (串联基因簇）: 通常是其基因产物需求量很高的基因，如rRNA基因、组蛋白基因、免疫球蛋白基因、tRNA基因等，这些结构基因常常以串联形式排列在基因组中，故也属于串联重复序列 moderately repetitive DNA中度重复序列 Dispersed repetitive DNA (离散重复序列) 分散在整个基因组中 Short in