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作业 什么是基因组学 基因组学的历史 基因组学的研究范围 454、HiSeq、Ion? Proton、 SOLiD 5500xl等测序仪的优缺点 Human Survivin！ 获取蛋白质的序列信息 Survivin：142aa 结论2 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2 获取FASTA序列 FASTA格式的序列 PHI-BLAST: find domain 填入蛋白质的FASTA序列 BIR domain 结论3 Survivin具有保守的功能结构域BIR UniProt: 蛋白质数据库 在人中做BLAST搜索 Survivin：O15392 Survivin的蛋白质信息 功能注释 结论4：功能分析 1. 在瘤形成过程中可能起一定作用； 2. 阻碍G2/M期的细胞编程性凋亡； 3. Chromosomal passenger complex (CPC)的成员之一。 … 细胞亚定位：胞质，核。 人的Survivin在酵母中有同源物吗？ 提交序列 在酵母中进行序列比对 酵母BIR1: P47134 酵母BIR1的信息 结论5： 人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1。 PDB：三级结构数据库 Survivin的三级结构信息 Raswin: 三级结构显示 总结 现在，Prof. Gene知道了： 1. 该基因为人的Survivin基因，染色体定位：17号染色体73733311；基因标识符：NM_001168.2; 2. 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2 3. Survivin具有保守的功能结构域BIR 4. Survivin的细胞亚定位：胞质，核，其功能有： (1) 在瘤形成过程中可能起一定作用； (2) 阻碍G2/M期的细胞编程性凋亡； (3) Chromosomal passenger complex (CPC)的成员之一。等等。 5. 人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1。 6. Survivin的三级结构已知，在PDB中的标识符为1E31。 作业 某天，Prof. Gene在小鼠(Mus musculus)中又发现了一个与有丝分裂相关的基因,通过DNA测序，得到部分序列： GATGAGCTGCTTATCCTACAACGAGAAGTCGGACATCTGGTCCTTGGGCTGCCTGCTGTATGAGCTGTGTGCACTAATGCCTCCCTTTACAGCTTTCAACCAAAAAGAGCTAGCTGGGAAAATCAGGGAAGGGAGGTTCAGGCGCATCCCCTACCGCTACTCTGATGGCTTGAATGACCTCATCACTCGGATGCTGAATTTAAAGGACTACCATCGACCTTCAGTGGAAGAAATTCTGGAGAGCCCTTTGATAGCAGACTTGGTTGCAGAAGAGCAAAGGAGAAATCTGGAGAGGAGAGGACGGCGCTCAGGCGAGCCTTCGAAGCTGCCGGACTCCAGCCCTGTGCTGAGCGAGCTCAAGTTGAAGGAAAGGCAACTGCAGGATCGAGAGCAAGCACTCAGAGCTCGGGAGGACATCCT 问题： 1. 这个基因在小鼠中是哪个基因？基因的标识符是什么？这个基因的在基因组上的定位是怎样的？ 2. 这个基因在人中的同源物是哪一个？标识符是什么？ 3. 在人中，这个基因标码的蛋白质是什么？具有什么样的功能？细胞亚定位在何处？这个基因是一个酶吗，什么酶？具有什么样的功能结构域？ 4. 这个基因在酵母中保守吗？如果保守，哪个基因是人中的同源物？ 5. 这个基因在人中的同源物，编码的蛋白质有3级结构的信息吗？如果有，给出在PDB中的标识符。 Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow 生物信息学 第三讲：序列的采集、存储和查询 本章内容提要 1. DNA测序 （删除） 2. 序列数据的存储 3. 序列数据的文件格式 4. 序列数据的查询 2. 序列数据的存储 1. 核酸三大数据库：GenBank, EBI, DDBJ. 2. Ensembl数据库：基因组注释。 3. ESTs数据库； 4. UniGene数据库 5. Refseq数据库； 6. NCBI的Gene信息数据库; 7. 蛋白质序列：Swissprot/TrEMBL/UniProt数据库。 三大数据库之间的联系 GenBank中测序最多的20个物种 161.0版，2007.08