茶树GGPS基因家族的克隆、生物信息学和表达分析.pdfVIP

茶叶科学 20 17，37 （2 ）：130~ 138 Journal of Tea Science 投稿平台：ki.n et 茶树GGPS 基因家族的克隆、生物信息学和表达分析 方洁，李春芳，马春雷，陈亮* 中国农业科学院茶叶研究所国家茶树改良中心，农业部茶树生物学与资源利用重点实验室，浙江 杭州 310008 摘要：牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶（Geranylgeranyl diphosphate synthase, GGPS ）是萜类合成途径的结构酶， 对植物生长发育具有重要意义。本研究通过RACE 和RT-PCR 方法克隆得到5 条潜在的茶树GGPS 序列，分别 命名为 CsGGPS 1-4 和 CsGGPS9 ，其中 CsGGPS9 存在 3 条等位基因，分别是 CsGGPS9- 1、CsGGPS9-2 和 CsGGPS9-3 ，在系统进化树上与其他基因分成两支。蛋白质序列分析表明，茶树 GGPS 家族成员都具有 polyprenyl_synt 结构域，不存在信号肽序列。亚细胞定位预测结果显示，CsGGPS1 、CsGGPS2 和 CsGGPS4 定位在叶绿体上，CsGGPS3 和CsGGPS9 定位在线粒体上。通过Swiss Model 进行三维建模，结合“three-floor ” 模型对茶树 GGPS 家族成员的功能进行预测，预测结果显示，CsGGPS1 、CsGGPS2 和 CsGGPS4 是 GGPS ； CsGGPS3 是异源二聚体形式的牻牛儿基焦磷酸合酶的小亚基；CsGGPS9 的催化主产物是碳链数大于 30 的异 戊烯基焦磷酸。qRT-PCR 分析表明，CsGGPS 1 整体表达丰度较低，仅在一芽二叶中表达量稍高；CsGGPS2 在 茶树各个组织中均有表达，在花中表达量最高，且花发育过程中表达量先上升后下降；CsGGPS3 在叶和幼根 中的表达量高于花，花发育过程中表达平稳；CsGGPS4 在茶树各个组织中表达量数值相近，在花发育过程中 表达量变化趋势与 CsGGPS2 相同；CsGGPS9 的表达量在成熟叶中显著低于幼嫩叶片。 关键词：茶树；牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶；三维结构模型；表达分析 中图分类号：S571.1 ；Q52 文献标识码：A 文章编号：1000-369X （2017 ）02- 130-09 Molecular Cloning, Bioinformatics and Expression Analysis of GGPS Gene Family in Tea Plant * FANG Jie, LI Chunfang, MA Chunlei, CHEN Liang Tea Research Institute of the Chinese Academy of Agricultural Sciences, National Center for Tea Improvement/Key Laboratory of Tea Biology and Resources Utilization, Ministry of Agriculture, Hangzhou 310008, China Abstract: Geranylgeranyl diphosphate synthase (GGPS) is a constitutive enz