大规模表达序列标签测定及分析课件.pptVIP

大规模表达序列标签(EST)测定及分析 中山大学生科院 主要内容 什么是 ESTs ？ Serial analysis of gene expression (SAGE) 技术流程 基因芯片或微阵列技术流程 几种大规模分析基因表达水平的方法的比较 ESTs数据的不足 EST技术流程 一、cDNA文库构建 cDNA文库的构建及其均一化扣除杂交处理 扣除杂交技术的发展 SSH的原理与基本过程 二、序列测定及数据分析 测序方向的选择 序列前处理 (pre-processing) 镶嵌克隆的识别 常用的拼接软件 Cluster的连接 UniGene TIGR Gene Index STACK Clean Short and Tight 基因注释及功能分类 后续分析 实例介绍 文库信息 序列质量处理 序列长度和质量分布 聚类和重叠群（Contig)分析 BLAST Search against human genome sequence(e=1e-5) 功能分类和注释 表达量比较实例 ◆ Unigene 结合有指导的和无指导的方法，而且在聚类过程中使用了不同水平的严格度，聚类的算法为megablast,数据库不产生一致性序列。 ◆ TIGR Gene Index用的是有严格的和有指导的聚类方法,聚类的算法为类似于BLAST和FASTA的FLAST， 该法得到的一致性序列较短，交替剪切