R语言初步.pptx

1 R语言初步 彭司华 上海海洋大学 2016.3 2 内容 一 R简介 二 函数与对象 三 R绘图 四 数据保存 五 用R做正态性检验 3 一 R 简介 R首页的图形 R是一种统计绘图语言，也指实现该语言的软件。 The R Project for Statistical Computing 4 简 史 R语言是从S统计绘图语言演变而来，可看作S的“方言”。 S语言上世纪70年代诞生于贝尔实验室，由Rick Becker, John Chambers, Allan Wilks开发。 基于S语言开发的商业软件Splus，可以方便的编写函数、建立模型，具有良好的扩展性，在国外学术界应用很广。 1995年由新西兰Auckland大学统计系的Robert Gentleman和Ross Ihaka，基于S语言的源代码，编写了一能执行S语言的软件，并将该软件的源代码全部公开，这就是R软件，其命令统称为R语言。 5 R的特点 多领域的统计资源 目前在R网站上约有2400个程序包，涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、空间分析、系统发育分析、生物信息学等诸多方面。 跨平台 R可在多种操作系统下运行，如Windows、MacOS、多种Linux和UNIX等。 命令行驱动 R即时解释，输入命令，即可获得相应的结果。 6 CRAN The Comprehensive R Archive Network 简称CRAN，由世界几十个镜像网站组成网络，提供下载安装程序和相应软件包。各镜像更新频率一般为1-2天 推荐镜像： 中国的镜像:数学所 /mirrors/CRAN/ 即时更新的CRAN源 / R登陆界面(Windows版) 7 8 R程序包（R Packages） 程序包是什么？ R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。 Window下的R程序包是经过编译的zip包。 每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。 为什么要安装程序包？ R程序包是R功能扩展，特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。 例如：系统发育分析，常用到ape程序包，群落生态学vegan包等。 9 常用R程序包(I) ade4 利用欧几里得方法进行生态学数据分析 adephylo 系统进化数据挖掘与比较方法 ape 系统发育与进化分析 apTreeshape 进化树分析 boot Bootstrap检验 cluster 聚类分析 ecodist 生态学数据相异性分析 FD 功能多样性分析 geiger 物种形成速率与进化分析 10 常用R程序包(II) Graphics 绘图 lattice 栅格图 maptools 空间对象的读取和处理 mefa 生态学和生物地理学多元数据处理 mgcv 广义加性模型相关 mvpart 多变量分解 nlme 线性及非线性混合效应模型 ouch 系统发育比较 pgirmess 生态学数据分析 phangorn 系统发育分析 11 常用R程序包(III) picante 群落系统发育多样性分析 raster 栅格数据分析与处理 seqinr DNA序列分析 sp 空间数据处理 spatstat 空间点格局分析，模型拟合与检验 splancs 空间与时空点格局分析 stats R统计学包 SDMTools 物种分布模型工具 vegan 植物与植物群落的排序，生物多样性计算 12 程序包使用 程序包的中函数，都要先导入，再使用，因此导入程序包是第一步。 在控制台中输入如下命令： library(vegan) library(ade4) 程序包内的函数的用法与R内置的基本函数用法一样。 library(vegan) This is vegan 1.17-2 13 查看函数的帮助文件 函数的默认值是什么？ 怎么使用？ 使用时需要注意什么问题？ 需要查询函数的帮助。 1 ?t.test 4 help(t.test) 6 查看R包pdf手册 14 R帮助文件的内容与格式 15 帮助文件的内容 lm{stats} #函数名及所在包 Fitting Linear Models #标题 Description #函数描述 Usage #默认选项 Arguments #参数 Details #详情 Author(s) #作者 References #参考文献 Examples