蛋白质分析小贴士.PDFVIP

蛋白质分析小贴士 1. 疏水性等生化指标分析 通过蛋白质基本性质分析、疏水性分析、跨膜区预测、信号肽预测、亚细胞定位预测、抗原性位点预测， 可以对基于编码蛋白的性质作出初步判断和预测，尤其通过疏水性分析和跨膜区预测可以预测基因是否为 膜蛋白。 网站链接：/protparam/ 2. 分泌蛋白预测 分泌蛋白是指那些分泌到细胞膜外的蛋白质。这些蛋白定位于胞外，很容易与各种药物相互作用，因此常 被作为药物的靶标。SignaIP 使用人工神经网络算法，判断序列是否为信号肽，并对革兰氏阳性、阴性和 真核生物的蛋白质序列中信号肽剪切位点的位置进行预测。 网站链接：www.cbs.dtu.dk/services/SignalP 3. 亚细胞定位预测 亚细胞定位与蛋白质的功能存在着非常重要的联系，对亚细胞定位的预测可基于如下原理： (1) 不同细胞器往往具有不同的理化环境，根据蛋白质的结构及表面理化特征，选择性容纳蛋白； (2) 蛋白质表面直接暴露于细胞器环境中，它由序列折叠过程决定，而后者取决于氨基酸组成。然后通过 氨基酸组成进行亚细胞定位的预测。 网站链接：www.cbs.dtu.dk/services/TargetP 4. 跨膜区预测 各个物种的膜蛋白比例差别不大，约四分之一的人类已知蛋白为膜蛋白。由于膜蛋白不溶于水，分离纯化 困难，不容易生长晶体，很难确定其结构。因此，对膜蛋白的跨膜螺旋进行预测是生物信息学的重要应用。 推荐使用 TMHMM 软件对蛋白进行跨膜预测。TMHMM 综合了跨膜区疏水性、电荷偏倚、螺旋长度和膜 蛋白拓朴学限制等性质，采用隐马氏模型（Hidden Markov Models ），对跨膜区及膜内外区进行整体的 预测。TMHMM 是目前最好的进行跨膜区预测的软件，尤其长于区分可溶性蛋白和膜蛋白，因此首选它来 判定一个蛋白是否为膜蛋白。 软件链接：www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM 5. 分子量和等电点计算 Compute the theoretical PI and MW from a SWISS-PROT or TrEMBL entry or for a user sequence. 分析网站链接：/compute_pi/ 6. 常用蛋白质数据库 NCBI ： UniProtKB： IPI：www.ebi.ac.uk/IPI/IPIhelp.html （该数据库已经停止更新） Gene Ontology ： KEGG：www.kegg.jp 7. 常用蛋白质功能、通路、互作网络分析工具 David (GO 功能注释) / KEGG 通路分析 ：www.kegg.jp IntAct (蛋白质互作网络) ：http://www.ebi.ac.uk/intact/ String (蛋白质互作网络)：/