番茄基因组学研究进展.pdfVIP

园 艺 学 报 2014 ，41 （9 ）：1802 –1810 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 番茄基因组学研究进展 * * 张立慧，王志敏 ，郭 航，吕焕青，安礼渝，汤青林，宋 明 （西南大学园艺园林学院，南方山地园艺学教育部重点实验室，重庆市蔬菜学重点实验室，重庆 400715 ） 摘 要：就利用番茄基因组序列进行的基因与表型、基因注释、基因家族和其他物种基因组研究方 面的成果进行总结，进而提出番茄基因组测序完成对番茄分子育种的意义及展望。 关键词：番茄基因组；表型；基因注释；基因家族；分子育种 中图分类号：S 641.2 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2014 ）09-1802-09 Research Progresses of Tomato Genome * ZHANG Li-hui ，WANG Zhi-min ，GUO Hang，Lü Huan-qing ，AN Li-yu ，TANG Qing-lin ，and SONG * Ming （College of Horticulture and Landscape Architecture，Southwest University ；Key Laboratory of Horticulture Science for Southern Mountainous Regions ，Ministry of Education ；Chongqing Key Laboratory of Olericulture，Chongqing 400715 ， China） Abstract ：This paper summarized the current researches related to tomato genome sequence in many fields，such as gene and phenotype，gene annotation，gene family and genomic research in other species. Then the significance for molecular breeding of tomatoes and the application prospect are put forward. Key words ：tomato genome ；phenotype ；gene annotation ；gene family ；molecular breeding 基因组学（Genomics ）是20 世纪 90 年代兴起的最活跃的研究领域之一，是对所有基因的结构 和功能进行分析的一门学科。基因组研究一般包括两个方面的内容：结构基因组学（structural genomics ）和功能基因组学（functional genomics ），后者常常又被称为后基因组学（post-genomics ）。 结构基因组学属于基因组分析的早期阶段，主要工作是建立生物体的高分辨率遗传、物理及转录图 谱，并以研究基因序列作为目标（任毅和黄三文，2009 ）。功能基因组学研究是利用结构基因组提供 的信息，开发并应用新的试验方法，系统地分析基因功能（Hieter Boguski ，1997）。功能基因组 学的研究主要包括基因功能的发现、基因表达分析及其突变的检测等内容（常敬礼 等，2008 ）。 由中国、美国、荷兰、以色列、日本等 14 个国家的 300 多位科学家组成的“番茄基因组研究 国际协作组”，历经 8 年多的艰苦努力，完成了对栽培番茄全基因组的精细序列分析，该成果于 2012 年 5 月 31 日在《Nature 》上以封面文章的形式发表（Tomato Genome Consortium，2012 ）。此次测序 的番茄品种为Solanum lycopersicum ‘Hein