第二章：维持蛋白质结构的作用力.pptVIP

* 第二章：维持蛋白质结构的相互作用力 一、共价相互作用：（二硫键） 二硫键在胞外蛋白和胞内蛋白中的功能 二硫桥作为蛋白质结构花样的组成部分 蛋白质结构中原子间的相互作用可分为两类：共价相互作用和非共价相互作用。 二硫键(-S-S-)又称作二硫桥或硫硫键：是指两个硫原子之间形成的化学键其键能很大大约为30~100Kcal/mol 因此是一种很强的化学键它可以把不同的肽链或同一肽链的不同部分连接起来对稳定蛋白质的构 象起着重要的作用 二硫键的形成：在细胞外大多数二硫键的形成是自发地， 而在细胞内它需要细胞膜上的酶系统来将二硫键引入蛋白质。因为现代的细胞是依靠很强的还原环境所维持的，例如5mM的还原谷胱甘肽和0.01mM 的氧化谷胱甘肽，在这样的条件下蛋白质中二硫键的形成就不是自发的了 二硫键在胞外蛋白中的功能：在胞外蛋白中二硫键决定了胞外蛋白的机械性质 例如：角蛋白 蛇毒毒素蛋白和其它的毒素蛋白多肽激素消化酶免疫球蛋白 溶菌酶以及牛奶蛋白等，在这些蛋白质中二硫键的作用对于结构的稳定 Schematic models of an antibody molecule and a Fab fragment 二硫键在胞内蛋白中的功能：二硫键决定了胞内蛋白的化学性质新合成的蛋白很少具有二硫键，通常胞内蛋白中的二硫键只与功能性相关而与结构稳定无关 Thirodoxin system Scheme of electron flow in the thioredoxin system. Electrons from NADPH are used to reduce thioredoxin reductase (TrxR) (a NADPH-dependent flavoprotein), which in turn reduces thioredoxin (Trx). Reduced thioredoxin is able to reduce disulfide bonds in a wide array of protein substrates. 还原状态 氧化状态 Thioredoxin in yeast Bao et al. Thioredoxin reductase in yeast Zhang et al. Complex of Trx and Trr in E.coli Lennon et al. , Science 2000 The pseudodimer of Trx2 in yeast. the active site of one monomer is exposed to the solvent, the other is covered by its neighbor Dimer of human Trx1. a disulfide bond that involves an extra cysteine(C72) on a loop close to the active site holds the dimer together The protection of the active site by a dimer conformation maybe favorite along evolution. 二、非共价相互作用 蛋白质的空间结构主要是由非共价相互作用所维系的。弱的相互作用力使得非共价键易于断裂，使蛋白质分子具有柔性。 主要非共价相互作用力: 范得华相互作用, 静电相互作用, 疏水相互作用, 氢键和盐键等 疏水相互作用 -3 N－H……O= -4 C－H……O 氢 键 +0.3 C=O……O=C -5 －COO……H3 N－ 静电相互作用 -0.03 －C－H……H―C― 色散力 键 能(Kcal/mol) 类 型 ?+ ?+ ?－ ?－ 蛋白质结构中的非共价相互作用 1、范得华相互作用:原子间以及被化学键所饱和的分子间存在着弱的相互吸引力 ① 极性基团偶极矩之间的静电力（葛生力Keeson）； ② 诱导力(Debye力)； ③ 色散力（London力）。 三种范得华相互作用中，色散力是占主要地位的相互作用力。 色散力London 力: 非极性分子中的原子和分子的原点振动引起的, 动态极化可使在某一瞬间电子云的重心偏离核正电荷的中心使得非极性 分子产生瞬间偶极矩此瞬间偶极矩将在邻近分子中诱导出偶极矩这种瞬间偶极矩与诱导偶极矩的相互作用力称作色散力 范得华相互作用可用Lennard-Jones 势函数表达: E = A/R12 - B/R6 = Em * [-(Rm/R)12 + 2 (