碱基对在DNA双螺旋链上分离的自由能计算.pdfVIP

物理化学学~E(WuliHuaxueXuebao) 1282 Acta ．一Chim．Sin．2016，32(5)，1282—1288 May [Article] doi：10．3866／PKU．WHXB201602185 www．whxb．pku．edu．cn 碱基对在DNA双螺旋链上分离的自由能计算 伍绍贵 ， 冯 丹 ’ (四川i师范大学化学与材料科学学院，成都610068； 中国科学院理论物理研究所，理论物理国家重点实验室，北京 100190) 摘要：DNA是大部分生物包括病毒的基因载体。DNA双螺旋链通过A=T和G-=C两种碱基对编码实现对遗 传信息的存储。碱基对中的相互作用对DNA双螺旋链的稳定性起到重要作用，直接关系到基因的复制和转 录。当前研究中，我们构建 了四组不同结构的DNA双螺旋链，进行了总共4．3ps的分子动力学模拟。通过 伞形取样技术计算了DNA双螺旋链中碱基对分离的自由能曲线，并从分子尺度细节和相互作用能对 自由能 曲线进行解析。在碱基对G-=C的自由能曲线 (PMF．PGC)F观察到三个峰，通过监测氢键数 目的变化发现分 别对应于G—C三个氢键的断裂 ；而在A=T的自由能曲线(PMF．PAT)上只出现一个峰，说明A=T的两个氢 键在分离过程中几乎同时断裂。PMF—PGC的总能垒比PMF．PAT高，主要是因为G=-C比A=T多一个氢键， 更稳定。两条曲线的后段 自由能仍然升高，而此时碱基对的氢键 己断裂，这是DNA链骨架刚性所导致。我 们还研究了碱基对稳定性受相邻碱基对的影响，发现邻近G=-C碱基对会增强A=T的稳定性，C=G会削弱 A=T的稳定性，T=A对A=T的影响较小。 关键词 ：平均力势；氢键；分子动力学模拟；伞形取样 中图分类号 ：O641 FreeEnergyCalculationforBasePairDissociationinaDNADuplex WuShao—Gui’。， FENG Dan’ fCollegeofChemistryandMaterialScience,SichuanNormalUniversity,Chengdu610068, R．China； eStateKeyLaboratoryofTheoreticalPhysics,InstituteofTheoreticalPhysics．ChineseAcademyofSciences Bejiing100190, R．China) Abstract： DNA isthemaingeneticmateriaIforIivingorganismsincludingmanyviruses．DNAduplex．coded withA=TandGECbasepairs。iswellsuitedforbiologicalinformationstorage．Theinteractionsbetweentwo basesinabasepaircontributetothestabilityofDNA duplex，andarefurtherrelatedtogenereplicationand transcription．Inthisstudy,weuseall—atom Moleculardynamics(MD)simulationscombinedwithUmbrella sampling(US)methodtodeterminethefreeenergyprofilesandexplorethemoleculardetailsforbasepair dissociations．FourgroupsofDNAduplexeswithdifferentsequenceshavebeencons