计算机模拟HsRAD51蛋白与多肽BRC4分子对接.pdfVIP

2016年 1月 化 学 研 究 97 第 27卷 第 1期 CHEM ICAL RESEARCH http：／／hxya．cbpt．cnki．net 计算机模拟 HsRAD51蛋 白与多肽 BRC4分子对接 刘广斌 ，赵东欣 ，马 丽 ，姜日水。，卢 奎 。 (1．河南工业大学 化学化工学院，河南 郑州 450001； 2．曲阜师范大学 生命科学学院，山东 曲阜 273165； 3．河南工程学院 材料与化工学 院，河南 郑州 450007) 摘 要：研究使用 ZDOCK算法进行 HsRAD51蛋 白与多肽BRC4分子对接的准确性．采用 AccelrysDiscovery Studio3．5软件计算平台，使用基于快速傅立叶转换的ZDOCK分子对接程序进行蛋 白HsRAD51与乳腺易感 基 因BRCA2的重复基元 BRC4的分子对接 ，然后使用 RDOCK程序进行结果优化 ，最后将通过分子对接得到的 几个蛋 白一多肽复合物的三级结构与文献报道的通过 x射线测得的蛋 白HsRAD51与BRC4复合物的准确结构 进行叠合比较，结果发现其中一些结构的叠合效果较好，碳链骨架叠合的RMSD最小的为 0．0344D_ITI．推测使 用 ZDOCK分子对接程 序来 进行 HsRAD51蛋 白与多肽 的对 接，具有 较高的准确性．该结果为今后研究 HsRADS1蛋 白与 BRCA2其他重复基元的分子对接 以及相互作用提供 了重要依据 ． 关键词 ：HsRAD51；BRC4；BRCA2；ZDOCK；分子对接 中图分类号：O629．7 文献标志码 ：A 文章编号：1008—1011(2016)01—0097—05 Computersimulation ofthemoleculardockingbetween HsRAD51andBRC4 LIU Guangbin ，ZHAO Dongxin ，MA Li，JIANG Yueshui。，LU Kui，。 SchoolofChemistryandChemicalEngineering，HenanUniversityofTechnology，Zhengzhou450051，Henan，China 2．SchoolofL Science，QufuNormalUniversity，Qufu273165，Shandong，China； SchoolofMaterialandChemicalEngineering，HenanInstituteofEngineering，Zhengzhou450057，Henan，China) Abstract：TheaccuracyofthemoleculardockingbetweenHsRAD51andBRC4wasstudiedby usingtheprocedureZDOCK．Basedon thesoftwareAccelrysDiscoveryStudio3．5 computing platform ，themoleculardockingbetweenHsRAD51andBRC4wascarriedout，then thedoc— king resultswererefined by theprocedureRDOCK．In theprocessofsuperimposing those bindingmodeswiththerealconformation confirmedbyX—ray。itwasfoundthatsomebinding modeswere consistentwith thereference complex conformation and theminimalRM SD of main—chain superimpositio