单核苷酸多态性研究意义-单核苷酸多态性研究意义.PDFVIP

维普资讯 中华 国际医学杂志 2003年 2月第 3卷第 1期 ChinIntJMedVol3No1Feb2003 · 67 · [文章编号] 1606—7983(2003)01—0067—03 单核苷酸 多态性的研究意义 于观 贞(综述)，朱明华 (审校) (第二军医大学附属长海医院病理科 ，中国上海 200433) [摘要] 单核苷酸多态性 (SNP)作为第 3代遗传标记 ，具有量大 、高频率 、低突变率等优点。广泛应用于基因组分析 、 生物信息 自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究及全球种族遗传学研究等。本文就 SNP的遗传特性 、检测、应用及 存在 问题作 了综合性介绍 。 [关键词] 单核苷酸多态性；遗传标记 ；连锁不平衡性 [中图分类号] R394．33 [文献标识码] A 人类基 因组 由3×1O。个碱基对组成 ，编码 了大 称作 cSNP。由于 SNP是二等位基 因，故在基 因组 约 2．6万～3．8万个基 因 ，比原来估计 的 5万～14 中筛选 SNP往往 只需 +／一的分析 ，不用分析片段 万个基 因少 的多口]。然而基 因组序列分析仅揭示 了 的长度 ，就可 以发展 自动筛选 SNP技术 ]。鉴于 遗传信息复杂性 的一个层次 ，遗传信息是如何有序 、 SNP的这些优 点，即：量大 、高频率 、低突变率及 易 时相地表达 以及不 同生物体在不同条件下基 因序列 于 自动化检测 ，SNP逐渐成为继第 1代遗传标记 限 的差异表达还需进一步研究 。对这些差异进行鉴别 制性酶切片段长度 多态性 (RFLP)和第 2代短 串联 分类将有助于解释人类疾病 的易感性和抗性 ，同时 重复序列(STR)后 的第 3代遗传标记 。 又可作为遗传标记 ，用于分析复杂疾病 的遗传特性 SNPs在基 因内、基 因间和种群 间的分布是不 和性状 ，解释不同群体和个体对药物 的耐受性和对 均匀的。研究发现 ，基 因内编码 区 SNPs要少于非 环境 因子 的反应性 。还可 以通过 比较物种 间基 因的 编码区，可能是 因为位于编码 区的序列受到更精确 差异 了解物种 间的亲缘关系和进化 的生物学信息 。 的功能调节和分裂重组调节等 自然选择作用 的影 响 。cSNPs又可分为 同义和非 同义改变 (导致氨基 1 单核苷酸 多态性 酸改变)，由于选择作用 (剔除有害基 因等)，非同义 单核苷 酸 多态性 (singlenucleotidepolymor— 改变远少于同义改变 ，此外次要等位基 因频率亦较 phism，SNP)是指群体 中正常个体 的基 因组 DNA 低 。而基 因间，同一种基 因中的 cSNPs的数 目亦不 内特定核苷酸位置上存在两种不同的碱基 (等位基 相 同，可从 0～29个不等 ，如 CYP21。多项研究 同 因)，其 中最少一种在群体 中的频率不少于 1 。二 时发现不 同种族 间 SNPs的数 目是不 同的，非洲人 等位基 因SNPs有 4种类型 。用 X甘Y(X，甘Y )表 群及非裔 种族 中 SNPs数 量最 多，而其它种群 的 示等位基 因改变 (X、Y指一股 DNA链上 SNP的等 SNPs要少 的多，因此通过 比较亚群 间等位基 因的 位核苷酸 ，X 、Y 表示对应链上 的碱基)，则 4种类 频率将有助于阐明种族 的结构和进化 ]。 型包括 1个转换 C甘T(G甘A)和 3个颠换 ：C甘A 2 SNP的检测 (G甘T)，C甘G(G甘C)和 T甘A(A甘T)。在特 定情 况下 ，如 DNA 复制 和转录时，两股 DNA 链分开 ， 鉴于 SNP的 良好前景 ，许多研究机构及公司开 SNP的 2个类型 C甘T(G甘A)和 C甘A(G甘T)分