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序列分析软件 DNAMAN 的使用方法简介 吕惠平 (新疆大学生命科学与技术学院；新疆生物资源基因工程重点实验室，乌鲁木齐，830046) DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使 用的 DNA 序列分析工具。本文以 DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。 打开 DNAMAN ，可以看到如下界面： 第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏： 第三栏为浏览器栏： 在浏览器栏下方的工作区左侧，可见 Channel 工具条，DNAMAN 提供 20 个 Channel，(如左所 示：)点击 Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的 Channel 。每个Channel 可以装入一 个序列。将要分析的序列 （DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间， 加快分析速度。此版本 DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个 Channel，然后打开 一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的 Channel 中。 本文以具体使用 DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。 1．将待分析序列装入 Channel （１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认 Channel 。（初始为 channel 1）可以通过激活不同的 channel (例如：channel5)来改变序列装入的 Channel 。（２）通过 Sequence/Load Sequence 菜单的子 菜 单打开文件 或将选定 的部分序列装 入 Channel 。通过 Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的 ，名称，要分析的片段等参数。 性质（DNA 或蛋白质） 2 ． 以不同形式显示序列 通过 Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示： 根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下： Sequence Composition 显示序列和成分 Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列 Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列 Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列 Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列 RNA Sequence 显示待分析序列的对应 RNA 序列 3 ．DNA 序列的限制性酶切位点分析 将待分析的序列装入 Channel，点击要分析的 Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开对 话框，如下所示： 参数说明如下： Results 分析结果显示 其中包括： Show summary （显示概要） Show sites on sequence （在结果中显示酶切位点） Draw restriction map （显示限制性酶切图）Draw restriction pattern （显示限制性酶切模式图） Ignore enzymes with more than （忽略大于某设定值的酶切位点） Ignore enzymes with less than （忽略小于某设定值的酶切位点） Target DNA （目标DNA 特性） circular （环型 DNA ），dam/dcm methylation （dam/dcm 甲基化） all DNA in Sequence Channel （选择此项，在 Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果 选择了 Draw restriction pattern，那么当所有的 channel 中共有两条 DNA 时，则只能选择两个酶 分析，如果共有三个以上 DNA 时，则只能用一个酶分析。 选择所需的项目，然后按提示操作点击 按扭，出现下列对话框： 参数说