条斑紫菜低覆盖度基因组草图分析-海洋科学.PDFVIP

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2017-06-08 发布于天津
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条斑紫菜低覆盖度基因组草图分析-海洋科学

条斑紫菜低覆盖度基因组草图分析 1 2 2 2 1 2 牛建峰 , 高胜寒 , 骆迎峰 , 袁野 , 王广策 , 胡松年 (1. , 266071; 2. , 100029) 摘要: 对条斑紫菜(Porphyra yezoensis )进行 Solexa 高通量测序, 获得低覆盖度全基因组草图。该基因组草图大小约 220 Mbp, GC 质量分数 53.08%; 包含 26 629 个预测基因, 其中 16 409 个基因具有内含子, 平均每个基因含 2.22 个内含子; 基因结构分析表明具有内含子的基因平均长度为 2 214 bp, 内含子平均大小 319 bp; 代谢通路分析表明嘌呤代谢是含有蛋白数量最多的代谢途径。本研究所得条斑紫菜低覆盖度全基因组草图快速获取了基因组大小和蛋白编码基因结构等基本信息, 证明了使用 Solexa 高通量测序技术对条斑紫菜进行全基因组测序的可行性。关键词: 条斑紫菜(Porphyra yezoensis); Solexa 高通量测序; 代谢通路中图分类号: Q949.21; Q942.4 文献标识码: A 文章编号: 1000-3096(2011)06-0076-06 (Porphyra) (Rhodophyta), (Rhodophyceae), (Bangiales), , (Bangiaceae)130 , , [9], , 30 2010 10 , GenBank , 28 , (EST )931 , 27 , [10] , , [1] cDNA EST , , 5~35 cm , , , cDNA [11-17], cDNA () [2] EST , NCBI EST 22 069 , EST[9,12-13] 3267 EST , 20 , [3-5] , , 33.1 EST , 2001 ,