蛋白质组学技术及其在低剂量辐射生物效应中的应用_培训课件.ppt

图像扫描和分析——Image Scanner II 蛋白质鉴定技术 Edman 降解 优点：测定肽序列，非常准确 缺点：成本高、测序速度较慢、灵敏度低，不适合鉴定数以百计的蛋白质 质谱法 原理：通过电离源将蛋白质分子转化为气相离子，然后利用质谱分析仪的电场、磁场将具有特定质量与电荷比值(M/Z 值)的蛋白质离子分离开来，经过离子检测器收集分离的离子，确定离子的M/Z 值，分析鉴定未知蛋白质。 具有准确性、易操作性、快速性及很好的普适性。 应用 03 能为亚微克级样品提供信息 高灵敏度 01 适用于复杂体系中痕量物质的鉴定或结构测定 与色谱有效 联用02 仪器体积重量大、售价高、速度慢、维护复杂、费电 缺点 04 质谱分析的特点 主要可以分为三种方法 肽质量指纹 图谱 用特异性的酶解或化学水解的方法将蛋白切成小的片段，然后用质谱检测各产物肽分子量，将所得到的肽谱数据输入数据库，搜索与之相对应的已知蛋白，从而获取待测蛋白序列 梯状测序 用化学探针或酶解使蛋白或肽从N 端或C 端逐一降解下氨基酸残基，形成相互间差一个氨基酸残基的系列肽，名为梯状测序，经质谱检测，由相邻峰的质量差知道相应氨基酸残基 亚稳离子 利用待测分子在电离及飞行过程中产生的亚稳离子，通过分析相邻同组类型峰的质量差，识别相应的氨基酸残基 质谱分析方法 串联质谱序列分析 串联质谱（Tandem-MS）,第一级质谱得到肽的分子离子,选取目标肽的离子作为母离子，与惰性气体碰撞，使肽链中的肽键断裂，形成一系列离子，即N端碎片离子系列（B系列）和C端碎片离子系列（Y系列），将这些碎片离子系列综合分析，可得出肽段的氨基酸序列。 “protein ladder sequencing”的方法，通过对Edman降解法的修改，产生一系列截去N端残基的肽段，用MALDI-MS测得这些肽段的质量，从而推测N端序列。 生物信息学技术 通过质谱所获得的鉴定结果通常都是高通量且比较复杂的，分析这些数据必须要通过自动化的方式对其进行识别、比较和分析。 生物信息学（Bioinformatics）就是通过计算机以及信息理论对获得的蛋白质、核酸序列等大量的生物信息进行采集、处理、存储、分析及解释，并结合统计学、计算机和生物医学等来获得其具有的各种生物学功能的一门新兴的边缘学科。 借助生物信息学分析能够进一步了解和分析被测蛋白的种类、属性、结构、生物功能及其同源蛋白。  蛋白序列数据库 SWISS-PROT/TrEMBL；http://www.expasy.ch） 基因序列数据库 Genbank，/ EMBL， http://www.ebi.ac.uk/） 蛋白模式数据库 Prosite；http://www.expasy.ch/sprot/prosite.html） 蛋白质二维凝胶电泳数据库、蛋白三维结构数据库 PDB，/； FSSP，http://www.embl-ebi.ac.uk） 蛋白翻译后修饰数据库 OGLYCBASE，http://www.cbs.dtu.dk/databases/ OGLYCBASE） 蛋白质组学研究相关数据库 蛋白相互作用研究技术 研究蛋白质间的相互作用的常用方法： 酵母双杂交系统 亲和层析 免疫沉淀 蛋白质交联 酵母双杂交系统是当前发展迅速、应用广泛的主要方法。 转录激活因子 转录激活因子在结构上是组件式的(modular),即这些因子往往由两个或两个以上相互独立的结构域构成,其中有DNA结合结构域(DNA binding domain,简称为DB)和转录激活结构域(activation domain,简称为AD),它们是转录激活因子发挥功能所必需的。 单独的DB虽然能和启动子结合,但是不能激活转录。 酵母双杂交系统的建立与发展 报告基因 DB与AD分离，不转录 DB与AD结合，激活转录 - - RNA聚合酶 双杂交的原理 两个等测蛋白质1和2, 前者与酵母菌转录激活因子Gal4的DB结合, 另一个与Gal4的AD结合。 由DB和AD形成的融合蛋白现在一般分别称之为“诱饵”(bait)和“猎物”(fish)。 DB AD HIS基因表达 在低剂量辐射效应中的应用 3 早期抑制糖分解及丙酮酸脱氢酶 晚期影响脂代谢，促进炎症反应 小鼠 出生第十天 七个月后处死 主要涉及通路：代谢、炎症反应和细胞骨架通路 蛋白质组学实验室所需的条件 Thank you！ * 蛋白质组学技术及其在低剂量辐射生物效应中的应用 主要内容 蛋白质组学概述 1 蛋白质组学研究技术 2 在低剂量辐射效应中的应用 3 蛋白质组学概述 1 20世纪三大科学计划：曼哈顿原子弹研制计划、阿波罗登月计划、人类基因组计划(HGP) HGP是由美国学