E法及常规培养法对稻田蓝细菌多态性分析结果比较.PDFVIP

第 13卷 第 3期 中 国 生 态 农 业 学 报 V0I．13 NO．3 2005年 7月 ChineseJournalofEco—Agriculture July， 2005 DGGE法与常规培养法对稻田蓝细菌多态性分析结果比较* 宋铁英 林智敏 郑伟文 L0TTAMartenss0n ULLARusmussen (福建省农业科学院生物技术 中心 福州 350003)(瑞典斯德哥尔摩大学植物系 斯德哥尔摩 ) 摘 要 研究运用蓝细菌和硅 藻 16SrDNA特异引物，将晚季水稻生长后期稻 田土壤 中提取 的总DNA进行 PCR 扩增后，以DGGE技术对 PCR产物进行分析结果表明，14条DGGE带经克 隆测序，经 NCBI基 因库比对得晚季水 稻生长后期存在 10种蓝细菌，包括4种Leptol3mgbya、1种 Chamaesiphon、1种 Nost~、1种 Oscillatoria、2种 S3me— chococcus和 1种 Chroococcidiopsis。 同层不同位置土壤 中蓝细菌种群亦有所不同，但每个取样点都有一些特有的蓝 细菌种类。用常规方法对 同一稻 田土壤样 品进行分离培养 ，根据蓝细菌鉴定 图谱观察到类似 L3mgbya、Oscillatori— a、Chroococcidiopsis及Nostoc的蓝细菌，但显微镜下无法准确分类。比较结果表 明采用 DGGE法 比常规培养法能更 准确进行蓝细菌多态性鉴定。 关键词 稻 田 蓝细菌 DGGE技术 Analysison thespeciesdiversity ofcyanobacteria in paddy field by comparison between normalcultureand DGGE method．SONGTie—Ying，LINZhi—Min，ZHENG Wei—Wen(BiotechnologyCenter，FujianAcademyofAgriculturalSci— ences，Fuzhou350003，China)，LOTTAMartensson，ULLA Rusmussen(DepartmentofBotany，Stockholm University， Sweden)，CJEA，2005，13(3)：140～143 Abstract Segmentsof16S rDNA genesfrom cyanobacteriawereretrieved from paddyfieldsamples byDNA extraction andpolymerasechainreaction(PCR)，andsubsequentlyanalyzedbydenaturinggradientgelelectrophoresis(DGGE)．The cyanobacterialcommunitywasanalyzedinthericepaddyfieldbynested PCR usinguniversal16SrDNA primers andsub— sequentlyprimers targetingcyanobacterialspecificregionsinthe16SrDNA genes．Theamplified productswereanalyzed bydenaturinggradientgelelectrophoresis(DGGE)．14dominatingbandswereexcised from thegelsandfurtherse— quenced anddeterminedbyBLAST searchagainsttheGenBankdatabase．10bandswereidentified ascyanobacteria，repre— senting6 differentcyanobacerialgenera．4ofthebandswereidentified asbelonging tOthegenus