综合序列分析软BioEdit.ppt

综合序列分析软件BioEdit ;BioEdit简介;序列的常规操作：;BLAST;主要内容;一、绘制质粒图（Plasmind drawing）;均屠焕掺硼焚搁蓄街纬彝烫擒棍迟砰谭麻躬市毫嚼恐呜驮三委隔够娃串哮综合序列分析软BioEdit综合序列分析软BioEdit;1.Restriction sites:(限制性位点) ;　　想要显示图谱中的限制性内切酶，从右边(“Dont Show ”中)选择任何想要的酶，用 按钮将它们移动到左边。按下“Apply Close ”时，这个位点就会增加到图谱中。指定的酶如果只有一个酶切位点,就会在酶切位点上出现一个“U ”。如果没有“U”， 将会显示第一个酶切位点。想要移动图谱中酶的位置，在“Show ”中增加选择的酶的亮度，按下 按钮将它们移动另一边。 ;2.Positional marks (位置标记): 　　点击“Vector ”菜单中的“Positional Marks ”选项，可以出现以下对话框： ? 　　可以通过移动位置标记到“Show” 中，单独增加位置标记，或者设定应用的分割标记数量。想要没有标记，选择“Divide into: ” 中的下拉菜单顶端的“None”。;3.Features (特征): 　　想要增加一个特征，如抗生素抵抗标记，从“Vector” 菜单选择“Add Feature”。 将显示以下对话框： 　　选择的类型是“Normal Arrow ”、“Wide Arrow ”、“Normal Box” 和、“Wide Box ”。在上面例子中的所有特征是“常规”宽度的。如果特征是一个箭头，箭头的方向将是从起点位置到终点位置。 　　增加特征或酶时，他们各自的标记增加在外面，中心是可能的尺寸。标记可以被选择工具选择、移动、编辑和缩放。;4.General Vector properties ;　　可以通过指定起点和末端位置，来增加多接头按钮。多接头显示为“Courier New ”字体。 　　在这个对话框中，特征可以被编辑、增加或者删除。想要编辑或删除一个现存的特征，在“Features”下拉式菜单中选择特征，并点击合适的按钮。点击“Add New” 按钮，可以增加一个新的特征。 　　现在只有一个圆形、单链质粒是有效的。在以后的版本中中将会改进。 　　“Font”按钮改变指示的默认字体。特征标记的字体将可以单独改变，但是位置标记不能单独改变。 ;二、Restriction Maps(限制性内切酶图);;2.BioEdit: 点亮你想要图谱的序列标题，从“Sequence” 菜单选择“Restriction Map” 。 以下选项将会显示在一个界面窗口： ;;3.Restriction Enzyme Browser (限制性内切酶浏览器 );　 在这个例子中，所有来源于Stratagene的限制性内切酶显示在左边的列表中，KpnI的亮度增加。KpnI的识别序列显示在顶端，同裂酶显示在它的下方，其他提供KpnI的公司显示在同裂酶的下方。BioEdit使用ReBase提供的gcgenz表，限制性内切酶数据在万维网的地址是：/rebase/ 。可以从ReBase 下载最新的gcgenz 表，将其命名为“enzyme.tab”， 并且替代在BioEdit安装文件夹中“tables ”目录下的旧文件。 　　注意：表必须是gcgenz格式的。你可以从tables文件夹中打开“enzyme.tab ”文件查看格式，或者查看“Restriction Maps ”。限制性内切酶表格文件名必须是“enzyme.tab ”，而且必须在BioEdit的“tables ”文件夹里。 ;1.氨基酸的组成;;2.熵图;3.疏水性轮廓(profile) ;4.瞬间疏水性轮廓(hydrophobic moment profile);5.平均瞬间疏水性轮廓;6.在联配中搜寻保守区 ;BioEdit version 5.0.9 Conserved region search Alignment file: Q:\Ribosomal_RNA\some_methanos.bio 5/10/04 8:57:33 PM ? Minimum segment length (actual for each sequence): 15 Maximum average entropy: 0.2 Maximum entropy per position: 0.2 Gaps limited to 2 per segment Contiguous gaps limited to 1 in any segment ? 2 conserved regions found ? Region 1: Position