計 算 化 学 の す す め - 和光純薬工業株式会社 試薬臨.PDFVIP

見 本 誌 本誌は、電子出版物（PDF）です。継続購読をご希望の皆様 は、下記 URL よりお申込みください。発行ごとに、メールでお知 らせいたします。 ⇒http://wako-chem.co.jp/siyaku/journal/index.htm 計算化学のすすめ 第１回 計算化学とは？ ……………………………………………………………２ 京都府立大学 人間環境学部 講師 リントゥルオト正美 分子モデリングソフトウェア “Spartan”（スパルタン）のご紹介 （1）はじめに ………………………………………………………………………４ 米国法人 Wavefunction,Inc. 日本支店長 内田 典孝 新しいβ-(1→3)-グルカン内水素結合の発見 …………………………５ 北九州市立大学 国際環境工学部 教授 上江洲 一也 2 “eMD”(エムディースクエア)で始める分子動力学シミュレーション （1）はじめに ………………………………………………………………………７ 株式会社インフォグラム システム開発部 田上 享 ダイナミック分子モデリングシステム eMD2 -Empowered Molecular Design/Dynamics- …………………………………８ 計 算 化 学 の す す め 第１回 計算化学とは？ 京都府立大学 人間環境学部 講師 リントゥルオト正美 最近、実験化学者と計算化学者が共 同で研究をすすめたり、実験化学者自 らが計算を行いながら研究を進めて いることを多く目にするようになっ た。また、実験化学者から計算ソフト を買ったのだけど、どうやったら計算 を始められるかな、というような質問 もたびたび受け、計算化学がいかに浸 透してきているのかがわかり感慨深 い。 私は固体表面における吸着現象、表 面化学反応などを主に対象として量 子化学計算を用いた研究を続けてき た。最近では巨大な分子系のスペクト ル計算や生体分子内における分子認 識に関する研究なども行っている。こ 図１、アルカリハライドクラスターの構造と安定性。図中の数字は相対的な安定化エネルギー れらの巨大分子系や固体を扱う場合、 （kcal/mol）。 系のモデル化が不可欠である。また、 スペクトル計算に際しては溶媒効果などにも気を配る必要 例えば、さまざまなコンフォメーションが予想される分子 がある。これらのモデル化や計算方法の詳細、基底関数の選 に対して、種々のコンフォメーションを仮定し計算を行い比 択など、計算の専門家にとっては当たり前であり、計算のキ 較することによって、最も安定なコンフォメーションを知る モとも言える部分が実験化学者にとっては計算を自分から ことができる。図１にアルカリハライドクラスターLinFn、 始めるに際しての高い敷居となっているかも知れない。 NanFn、NanCln クラスターの構造と安定性について示した。そ 大学の講義や実習でも計算化学が取り入れられており、卒 れぞれ予想される構造を仮定し、構造最適化を行い全エネル 論生や大学院生も自分のパソコンを使って、分子モデリング ギーの比較を行ったものである。 などをコンピューター上で行うことが可能になってきてい