OligoDNA的分子量和摩尔数的计算方法.docVIP

Oligo DNA 的分子量和摩尔数的计算方法 一、Oligo DNA 的分子量和摩尔数的计算方法1、一般Oligo DNA 的分子量和摩尔数的计算方法 分子量计算公式如下： MW=(A碱基数×312)+(C碱基数×288)+(G碱基数×328)+(T碱基数×303)-61 OligoDNA的分子量也可以用以下近似方法计算: OligoDNA中的每个脱氧核苷酸碱基的平均分子量近似为324.5,则一条OligoDNA的分子量=碱基数×324.5。 例：您得到一管标为5　OD260nm的20mer OligoDNA 分子量=20×324.5=6490 质量数=5×33=165ug 摩尔数=165/6490=0.025umol=25nmmol 若加双蒸消毒水或TE buffer400ul溶解,则浓度为25nmol/400ul=62.5uM 这里的 OD 值是指 DNA 制品溶解在1ml无菌水中的260nm 的吸光度值。2、含修饰的Oligo DNA的分子量和摩尔数是如何确定的？ Oligo DNA非修饰的引物的Molecular Weight在随引物提供的报告单上都有明确的标示。如果需要估计一个引物的分子量按每个碱基的平均分子量为324.5，引物的分子量=碱基数× 碱基的平均分子量。或按下列公式计算 MW= (NA ×WA) + (NC ×WC) + (NG × WG) + (NT × WT) +(Nmod ×Wmod) ＋（Nx×Wx）+( Ni× Wi) +16×Ns– 62.NA, NG, NC, NT, Ni分别为引物中碱基A或G或C或T或I的数量，WA, WC, WG, W, Wi分别为引物中碱基A或G或C或T或I的分子量，Nmod，Wmod 分别为修饰基团的数目和分子量。 对于混合碱基的分子量为混合碱基的分子量总合除以混合数，例如G+A混合的分子量为（313.21+329.21）/2 = 321.21。Ns为硫代数目，硫代每个位置增加分子量16。 3、常规碱基及常规修饰基团分子量Base Molecular Weight Base Molecular Weight Base Molecular Weight A 313.21 5ˊ -Biotin 405.45 3ˊ-TAMARA 623.60 C 289.18 5ˊ-(6 FAM) 537.46 3ˊ-Dabsyl 498.49 G 329.21 5ˊ-HEX 744.13 3ˊ-(6 FAM) 569.46 T 304.19 5ˊ-TET 675.24 3ˊ-AminoModifier C3 153.07 I 314.2 5ˊ-Cy5 533.63 3ˊ-AminoModifier C7 209.18 U 290.17 5ˊ-Cy3 507.59 3ˊ-ThiolModifier C3 154.12 S 16.00 5ˊ-NH2 179.2 3ˊ-NH2 209.2 ? ? 5ˊ-ROX 659.8 3ˊ-ROX 659.8 ? ? 5ˊ-digoxin 722.9 3ˊ-digoxin 722.9 ? ? 5ˊ-PO4 80 3ˊ-PO4 569.5 ? ? 5ˊ-JOE 666.4 3ˊ-JOE 666.4 二、Oligo DNA的Tm值引物设计软件都可以给出Tm，与引物长度，碱基组成，引物使用缓冲的离子强度也有关。 长度为25mer以下的引物，Tm计算公式为： Tm = 4(G + C)+ 2℃(A + T) 对于更长的寡聚核苷酸，Tm计算公式为： Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) – 600/size 公式中，Size = 引物长度。 ?最适退火温度（Ta Opt ）= 0.3×(Tm of primer)0.7×(Tm of product)–25 引物Tm值与PCR产物Tm值相差一般不超过30，一般采用较引物Tm值低5作为PCR退火温度。兼并碱基TM值可以折算。?