梨属叶绿体非编码区_EM_trn_EM_L-_EM_trn_EM_F和_EM_acc_EM_D-_EM_psa_EM_I特征及其在系统发育研究中的应用价值.pdfVIP

园 艺 学 报 2011 ，38 （12）：2261 –2272 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 梨属叶绿体非编码区 trnL-trnF 和 accD-psa I 特 征及其在系统发育研究中的应用价值 胡春云，郑小艳，滕元文* （浙江大学园艺系，农业部园艺植物生长发育与品质调控重点开放实验室，杭州 310058 ） 摘 要：对梨属 19 个种共 26 个供试样本及两个苹果属外类群样本的叶绿体非编码区 trnL-trnF 和 accD-psa I 进行了序列分析。排列后的序列长度分别为 927 bp 和 944 bp 。两个区域组合后共有36 个核苷 酸替换（substitution ）和 11 个插入/缺失（indel ）。将所有indel 处理为一次变异事件并编码为替换，用于 简约法系统树和 NeighborNet 系统发育网络（phylogenetic networks ）的构建。研究结果表明：indel 为系 统发育分析提供了可靠的信息；相比 trnL-trnF ，accD-psa I 因进化速率较快，更适合应用于种及种以下分 类水平的梨属植物系统关系研究；NeighborNet 系统发育网络表明系统树上部分较低的分支支持率由冲突 的信息引起，其余则由信息位点不足引起。此外结果还揭示了可疑种间杂交种的母系祖先。 关键词：梨属；trnL-trnF ；accD-psa I ；长度突变；系统关系 中图分类号：S 661.2 文献标识码：A 文章编号：0513-353X （2011 ）12-2261-12 Characterization and Phylogenetic Utility of Non-coding Chloroplast Regions trnL-trnF and accD-psa I in Pyrus * HU Chun-yun ，ZHENG Xiao-yan ，and TENG Yuan-wen （The State Agricultural Ministry Key Laboratory of Horticultural Plant Growth，Development and Quality Improvement ， Department of Horticulture ，Zhejiang University ，Hangzhou 310058，China ） Abstract ：The two non-coding chloroplast regions，trnL-trnF and accD-psa I of 26 accessions from 19 Pyrus L. species and two outgroup accessions from Malus Mill. were sequenced. Aligned lengths of these two regions were 927 bp and 944 bp ，respectively. A total of 36 substitutions and 11 indels were obtained in the combined data. All of the indels were treated as single mutation events and coded as substitutions manually when conducting maximum parsimony and Neighbor Net （NN ）analyses. Our results showed that the indels in these two cpDNA regions were reliable phylogenetic characters and i