小儿肾母细胞瘤血清蛋白质标记物检测及意义.pdfVIP

郑州大学2007届硕士论文 小儿肾母细胞瘸j|lL清蛋白质标记物检测及意义 经母细胞瘤9例、肝母细胞瘤5例、胰母细胞瘤2例、腹膜后恶性畸胎瘤5例、 横纹肌肉瘤3例、肾上腺皮质癌1例)，正常对照组20例。所有恶性肿瘤标本 均经病理证实。肾母细胞瘤组男16例，女14例，平均年龄2．8--+0．1岁。其他 小儿腹部实体肿瘤组男1l例，女14例，平均年龄3．5-+0．1岁。正常对照组与 肾母细胞瘤组年龄、性别相匹配。 EnhancedLaser 1．2设备表面增强激光解析电离一飞行时间质谱(Surface Time DesorptionflonizationofFlight-Mass +CiphergenInc．美国)。主要参数：收集范围为1000—50000；优化范围为 2000—30000． 1．3芯片弱阳离子交换(WCX2)蛋白芯片。 1．4应用软件和标记物评价指标 SoRware3．1，Biomarker Data 应用软件：Proteinchip Analyze System软件包。 支持向量机(svM)：MATLAB6．50SU．SVM工具箱。 评价实验的指标：灵敏度、特异性、Youden指数。 2．方法 2．1血清样本处理： U9溶液处理冰浴中解冻的血清标本，lOOMraNaNC(PH=4)稀释后，和 Bioprocessor预处理过的WCX2蛋白芯片结合反应60min，上述NaNC缓冲液清 洗芯片，取出芯片风干后点50％饱和的SPA溶液，上机读片． 2．2SELDI操作： SELDI质谱仪完成设置后，记录每一例样本的血清蛋白质质谱图。原始数据 Software3．1做校正，使总离子的强度及分子量均一化。用 先用Proteinchip Biomarkcr Data Wizard和ZUCI-ProtdnChipAnalyzeSystem软件包过滤噪音局部 极值的方法找出样本各自的峰，并过滤信噪比小于2的峰，以10％为最小阈值做 ’聚类分析，得到初步筛选结果。 2．3血清样本分组： 组1．小儿腹部实体肿瘤组与正常对照组 组2．肾母细胞瘤组与正常对照组 n 郑州大学2007届硕上论文 小儿肾母细胞瘤血清蛋白质标记物检测及意义 组3．肾母细胞瘤组与其他dJD腹腔实体肿瘤组 2．4建模方法： 对初步筛选出来的质荷比峰做Wilcormon秩和检验，筛选每组有统计学意义的 m／z值。 将有显著差异的l／z值数据输入支持向量机进一步分析，用训练集建立判别模 型，用测试集检验模型的效力，筛选用于建模的m／z值。 评价模型的敏感性、特异性。 结果 1．小儿腹部实体肿瘤肿瘤组与正常对照组 肿瘤组和正常对照组的质谱数据经过初步过滤筛选得到521个rUz峰，对其 显著蛋白质峰的任意组合中，采用SVbl筛选出预测值的youden指数最高的组合 组高表达，在正常对照组低表达。联合两个潜在标记物作为输入值，留一法交叉 检测，在测试集上判别模型的特异性为100．0％，敏感性为96．3％。 2．肾母细胞瘤组与正常对照组 肾母细胞瘤组和正常对照组的质谱数据经过初步过滤筛选得到352个M／Z 峰，对其相对强度做Wilconxon秩和检验分析得到尸值小于0．01的M／Z峰11个， 从差异显著蛋白质峰的任意组合中，采用SⅧ筛选出预测值的youden指数最高 的组合模型，筛出m／z位于6984．5和6455．5的蛋白质标记物2个，在肾母细胞 瘤组低表达，在正常对照组高表达。联合两个潜在标记物作为输入值，留一法交 叉检测，在测试集上判别模型的特异性为100．0％，敏感度为100．O％。 3．肾母细胞瘤组与其他小儿腹腔实体肿瘤组 肾母细胞瘤组和其他小儿腹腔实体肿瘤组初步筛选出352个M／Z峰，经 峰的任意组合中，采用SW筛选出预测值的youden指数最高的组合模型，筛出 m／z位于6914．0和3256．7的蛋白质标记物2个，在肾母细胞瘤组高表达，在其 他dJh腹腔实体肿瘤组低表达。联