数据搜索时用的生物大分子数据库扫描.docVIP

生物大分子数据库扫描 根据“Nucleic Acids Research”最新（指2007年）公布的数据，目前已有968个有关生物大分子数据库（参见文献 Galperin M Y, The Molecular Biology Database Collection, 2007, 35: D3）。有兴趣的读者可以参阅网站“/nar/database/a”。我们这里将主要类型的数据库列于表4-2。 数据库类别 代表数据库名及应用 核苷酸序列数据库 国际苷酸序列数据库集 DDBJ：所有已知的核苷酸序列与蛋白质序列 EMBL：所有已知的核苷酸序列与蛋白质序列 GenBank：所有已知的核苷酸序列与蛋白质序列 DNA序列：基因，保守序列模式及调控位点 有关代码DNA序列 ACLAME：基因移动因子分类数据库 CUTG：Genbank数据库中的代码应用分类数据库 HERVd：人类内源性逆转录病毒数据库 NPRD:核小体定位区间数据库 TIGR Gene Indices：基因序列与组织专一化数据库 VectorDB：核酸向特征及分类数据库 基因结构，内含子，外显子 ASD：选择性剪切数据库 EASED：扩展选择性剪切EST数据库 HS3D：现代人剪切位点数据库 Splice DB：典型与非典型的哺乳动物剪切位点数据库 转录调节位点与转录因子 ACTIVITY：功能DNA/RNA位点数据库 DBTBS：枯草杆菌起动与转录因子数据库 EPD：真核起动子数据库 JASPAR：转录因子DNA结合位点位置专一化得分矩阵 TESS：转录子搜索系统 TRED：转录调控元素数据库 TRANSFAC：转录因子和连接位点数据库 RNA序列数据库 16S与23S rRNA Mutation Database：16S与23S核糖体RNA突变数据库 ARED：mRNA中AU丰富数据库 NCIR：RNA结构中非典型相互作用数据库 tmRDB：tmRNA数据库 Rfam：非代码RNA家族数据库 蛋白质序列数据库 综合数据库 EXProt：被实验证实功能的蛋白质序列数据库 PA-GOSUB：根据模型器官，GO数据库确认及亚细胞定位的蛋白质序列数据库 Swiss-Prot：蛋白质序列数据库 TrEMBL：应用计算机注释与翻译EMBL数据库 UniProt：所有蛋白质序列累积数据库 蛋白质性质数据库 AAindex：氨基酸理化性质数据库 ProNIT：蛋白质与核酸相互作用热动力学数据库 ProTherm：天然型与突变型蛋白质热动力学数据库 TECRdb：酶催化反应热动力学数据库 蛋白质定位与靶向数据库（Protein localization and targeting） DDSubLoc：蛋白质在亚细胞单元定位数据库 NESbase：核输出信号数据库 NLSdb：核定位信号数据库 NMPdb：核基质联合蛋白质数据库 NOPdb：核仁蛋白质组数据库 PSORTdb：细菌中蛋白质在亚细胞单元中定位数据库 SPD：分泌蛋白质数据库 THGS：基因组序列中跨膜螺旋蛋白质数据库 TMPDB：由实验确定的跨膜蛋白拓扑数据库 蛋白质保守序列模式及活性位点数据库 ASC：活性序列集合：生物活性肽数据库 BLOCKS：蛋白质家族中保守区间比对数据库 CSA：催化位点图谱，已知三维结构的酶的活性位点及催化位点数据库 COMe：生物有机蛋白分类数据库 CopS：综合肽信号数据库 eBLOCKS：高度保守蛋白质序列块 eMOTIF：蛋白质保守序列模式的确定与搜索 Metalloprotein Site Database：金属蛋白中金属连接位点数据库 O-GlyBase：蛋白质中用O和C连接的糖基化位点数据库 PDBsite：蛋白质三维结构功能位点数据库 PROSITE：生物学显著的蛋白质模式与突变谱数据库 蛋白质功能区域；蛋白质分类数据库 ADDA：蛋白质功能区域分类数据库 CDD：保守功能区域数据库：主要来自于Pfam，SMART，COG和KOG数据库 CluSTr：Swiss-Prot+TrEMBL蛋白聚类数据库 FunShift：在同一个蛋白质功能的家族的子家族之间功能异化数据库 PRINTS：启发式基因家族指纹谱数据库 Pfam：蛋白质家族数据库：根据多重序列比对和突变谱HMM构建 ProtoMap：将Swiss-Prot依不同层次分类的数据库 S4：SCOP超级家族中基于结构的序列比对数据库 单个蛋白质家族数据库 AARSDB：酰氨转移-tRNA合成酶数据库 ASPD：人工选择的蛋白质/肽数据库 Bac Tregulators：AraC和TetR家族转录调节子数据库 CSDBase：冷休克蛋白功能区阈数据库 GPCRDB：G蛋白偶联受体数据库 Histone Database：组蛋白折