大豆疫霉多态性SSR标记开发及遗传多样性分析.pdfVIP

植物病理学报 ACTAPHYTOPATHOLOGICASINICA 39(4)：337—346(2009) 大豆疫霉多态性 SSR标记开发及遗传多样性分析 徐静静 ，王晓呜，武小菲，朱振东 (中国农业科学院作物科学研究所，国家农作物基因资源与基因改 良重大科学工程，北京 100081) 摘要：用FastPCR软件在大豆疫霉全基因组中搜索到 l234个含2～4个重复基元精确SSRs。选择260个SSRs设计引物， 经对大豆疫霉5个分离物的基因组DNA检测，有212对 (81．5％)有效扩增出SSR特征条带 ，112对 (52．8％)扩增多态性。 用 18对多态性SSR引物分析了来 自美国、中国黑龙江省和福建省大豆疫霉分离物的遗传多样性 ，在 73个分离物中共扩增 出112个等位变异，变异范围为4—9，平均为6．22个，表明选择的引物对具有高的多态性。在 3个大豆疫霉群体中，黑龙 江省和福建省分离物的遗传距离最近，美国和福建省分离物的遗传距离最远。UPGMA聚类将 73个分离物划分为6组 ，其 中8个美国分离物 (72．73％)和 53个中国分离物 (85．48％)被聚类在一起，表明大豆疫霉中国分离物与美国分离物可能具 有共同的祖先，中国分离物可能为外来种。 关键词：大豆疫霉 ；基因组；SSR标记；遗传多样性 DevelopmentofpolymorphicSSRmarkersforPhytophthorasojaeandanalysisof thegeneticdiversity XUJing-jing，WANGXiao—ming，WUXiao．fei，ZHUZhendong (InStituteof CropScience，ChineseAcademyofAgriculturalSciences TheNationalKeyFacilitiesforCropGeneticResourcesandImprove— ， ment，Beijing100081，China) Abstract：UsingFastPCRsoftware，1234perfectsimplesequencerepeats(SSRs)with2to4bprepeatmo— tifwereidentifiedincompletegenomicsequencesofPhytophthorasojae．260SSRswereselectedforprimer design，andhtevalidityofresultingprimerpairswasdetectedbyamplifying5isolatesofP．sojae．Therewere 212(81．5％)primerpairsamplifiedcharacteristicSSRbandsnad112primerpairs(52．8％)maplifiedpoly— morphicbnadsma ong5differentJP．sojaeisolates．18primerpairswereselectedtonaalyzehtegeneticdiver- sityof73P．sojaeisolatescamefromUSA，HeilongjiangProvinceandFujianProvinceofChina．Onhte18 SSR loci，atotal of112allelesweredetectedin73isolates．Ateachlocus，4to9allelesweredetectedwiht all averageof6．22．Theresultsshowedhtattheselectedprimerpairswerehighpolymorphic．Therewashteclo— restgeneticdistancebetweentheP．sojaepopulationsrfom HeilongjiangandFujian，whilehtepopulations rfomUSAandFujina hadhtefarthestgeneticdistance．73P．sojaeisolatescouldbedividedinto6groupsby UPGMAclustering，8USAisolates(72．73％)wereclusteredtogehterwith53Chineseisolates(85．48％)， implicatedhta