第三章蛋白组学医.ppt

第三章 蛋白质组与蛋白质组学 第一节 蛋白质组与蛋白质组学的定义 蛋白质组 protein + genome proteome 一种基因组所表达的全部蛋白质 一个细胞或一个机体的基因所表达的全部蛋白质 一、蛋白质组与蛋白质组学的定义 蛋白质组学 阐明生物体全部蛋白质的表达模式与功能模式 从整体的角度分析、鉴定细胞内动态变化的蛋白质的组成、结构、性质、表达水平与修饰状态 了解蛋白质之间、蛋白质与大分子之间的相互作用与联系,揭示蛋白质的功能与细胞生命活动的规律 蛋白质组学研究意义和背景  目前功能基因组中所采用的策略，如基因芯片、基因表达序列分析等，都是从细胞中mRNA的角度来考虑的，其前提是细胞中mRNA的水平反映了蛋白质表达的水平。但事实并不完全如此， DNA mRNA 蛋白质 蛋白质组学研究的策略 蛋白质组学一经出现，就有两种研究策略。 一种可称为“竭泽法”，即采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质。（全蛋白组的研究） 另一种策略可称为“功能法”，即研究不同时期细胞蛋白质组成的变化，如蛋白质在不同环境下的差异表达，以发现有差异的蛋白质种类为主要目标。这种观点更倾向于把蛋白质组学作为研究生命现象的手段和方法。（差异表达的蛋白质组） 蛋白质组学研究的范围 蛋白质的表达模式 蛋白质翻译后修饰研究 蛋白质-蛋白质相互作用的研究 第一步 、蛋白质分离蛋白质组分析的首要要求 将来自于全细胞、组织或生物体中所包含的多达几千种混合蛋白质进行分离、检测和分析 。 以肿瘤蛋白质组学研究为例说明肿瘤蛋白质的来源 （1） 以肿瘤细胞为研究材料 不同的肿瘤细胞； 正常细胞与癌变细胞 2、2D DIGE 2D-DIGE 差异凝胶电泳技术(difference gel electrophoresis, DIGE), 其可以将三个样品用Cy2、Cy3、Cy5染料染色后，等量混合，在同一块胶上进行双向电泳分离，这样可以降低胶条和操作带来的误差。 DeCyder software Designed to detect and match fluorescent 2D images Load up to 18 image pairs. DeCyder software automatically: Co-detects image pairs Removes background Removes dust particles Normalises images Matches up to 18 image pairs t-test and ANOVA calculated for each spot set Data displayed as Trend analysis graph 第四步、质谱鉴定 质谱技术是蛋白质组学研究中最为广泛使用的蛋白质鉴定技术。其基本原理是样品分子 离子化后，根据不同离子间质荷比（M/Z）的差异来分离并确定分子质量。 质谱分析 MALDI-TOF-MS LC-MS-MS 通过数据库的比对获取感兴趣的蛋白质的相关研究，来进一步地进行研究！ 第五步 蛋白质相互作用的研究方法 蛋白质亲和层析 亲和印迹 免疫沉淀 交联 酵母双杂交 噬菌体展示 生物传感芯片质谱 蛋白质工程中的定点诱变技术 蛋白质相互作用的研究方法 1.酵母双杂交系统 1.酵母双杂交系统 DNA-BD具有与报告基因转录调控区特异结合的功能，DNA-AD则具有活化转录的功能。 DNA-BD和DNA-AD分开时不能激活转录，只有当两者在空间上接近时，才能呈现转录因子的活性。 只有当蛋白质X与蛋白质Y间发生相互作用时，才能激活报告基因的转录，而当两者单独作用时均无此功能 。 蛋白质组研究的技术路线流程图 四、蛋白质组研究在医学中的应用 （一）用于疾病诊断的研究 结