第六讲(08-2).pptVIP

软球模型的分子动力学方法 1、作用势的简化 对LJ势，当两粒子的间距大到一定程度后，它们间的相互作用势趋于零。为提高计算效率，我们可以考虑当两粒子间距大到某个值 之后，它们间的相互作用势可忽略不计。即： 就称为势截断距离。 2、周期性边界条件下的力计算 在周期性条件中，基本单元中第i个粒子除了受同为基本单元内第j个粒子作用外，还受j粒子的映像粒子的作用，它们位于与基本单元相邻的复制单元中，这种复制单元共有26个，因此，j粒子的映像粒子有26个。他们与i粒子的相对距离为： 其中L为正立方基本单元的边长。 可以证明，这27对粒子中，相对距离小于L/2的仅有一对。则当基本单元边长满足： 只要计算一对粒子的相互作用，其他26对可忽略。 3、邻域表法的力计算 在软球模型中，邻域表法是节约计算时间的一种有效方法。 在系统初始化时，建立邻域表。将系统中每个粒子与其它粒子的间距都计算出来，将那些间距小于某个距离 的粒子的有关信息存入邻域表，在接下来的若干时间步内，计算粒子间的相互作用力时，只在邻域表内搜索。每隔一定的步长刷新邻域表（如20步）。距离 比势截断距离 略大一点。典型值为 。 邻域表的结构通常用用两个一维数组，数组NPOINT的长度与系统粒子数N相同，其序号就是粒子的序号，对应的数组元素存放 该序号粒子的邻域粒子在LIST表中存放的起始位置。 然而在i粒子的邻域表中只存放序号比i大的粒子。因为填表时，是从序号由小到大。 从以上讨论可以的出，对于软球模型分子动力学方 法与硬球分子动力学方法不同之处，主要表现在： 硬球模型是通过计算相继两次碰撞的时间间隔和碰撞而引起速度及相继两次碰撞的位置改变量，得到系统微观状态的改变。 软球模型的分子动力学方法，时间步长是固定的，在每个时间步内，要计算出系统中每个粒子受其它粒子的作用力，然后代入相应的运动方程，并数值求解方程，得到新的位置和动量，从而得到新的系统微观状态。 硬球模型中系统中粒子间的联系是靠碰撞，而软球模型中系统中粒子间的联系是靠它们之间的相互作用力（势）。 平衡态的判别的补充： ? 1、 对于孤立系统，粒子数N和系统总能量不会改变。 ? 2、系统热力学特性，如、温度、内能、压力等的时间平 均值应在某个值附近波动。 ? 3、 当系统达到平衡态后，若外界加入一短暂而微小的干 扰。例如，给系统加入微小量的热量，系统的热力学 参数会恢复到平衡值。 4、如果系统达到平衡态后，把系统一分为二，则这两部 分的宏观物理量的时间平均值应该相同。 固体与液体的判别： 在分子动力学数值模拟中，有时要知道系统是处于固态还是液态。一种方法是用秩序系数。另一种就是计算系统中每个粒子位置与初始位置改变量的方位移均值（MSD）。即： 对于固体 随时间 步长增加，基本保持不变。 而液体 则线形增大。 如右图。 例1:Cu表面生长Ag薄膜过程的分子动力学模拟 模拟Cu衬底(001)平面气相Ag粒子吸附和薄膜生长的动 力学过程。 1 、原子势模型函数 选用了嵌入原子势（EAM势）模型，对有N 个原子组成的系统，对其中第i个原子的作用势能为 式中要计入Ag—Ag，Ag—Cu之间两种不同类型的相互作用。 2 、分子动力学模拟方法 在模拟中设系统包含400个Ag原子和1280个Cu原子，Ag原子 在底面积为8a×8a，高度在9a～(12b+9a)之间的立方盒子内随 机分布， Cu衬底按面心立方(fcc)结构排布，衬底的尺度在x， y，z方向上是8a×8a×5a． 其镀膜表面为(001)，a和b分别为 Cu和Ag的晶格长度。 在模拟中，两种粒子的初始温度不同，Cu原子的初态是室温 下(300 K)晶体，Ag原子以气相的形式出现(初始温度是2500K） 。令系统先弛豫3000步，(时间步长 =1.018 fs)，使Ag原子 系统和Cu衬底分别达到平衡态． 在x和y方向上，采用周期性边 界条件。 对Ag原子加一个向下的附加速度，其大小为1.523 ／ps， 使得Ag粒子有向Cu运动的趋势。 为了加快运算，在镀膜过程 中，假定Ag原子在高度为28.075 以上没有相互作用，当Ag 原子接近Cu衬底时，计入Ag—Ag，Ag—Cu之间的相互作用。考 虑了Ag原子在趋向Cu衬底途中的温度降低，强制使气相Ag原子 逐步冷却(0.6/ )，直到Ag粒子到达Cu衬底表面。这时Ag 原子和Cu衬底有能量交