计算机辅助药物设计 - 南方医科大学.doc

南方医科大学本科专业教学大纲 计算机辅助药物设计 Computer Aided Design of Drug 适用专业：生物信息学专业 执笔人：黄静 审定人：李彬 学院负责人：陈武凡 南方医科大学 二○○六年十二月 课程编码：B030036 一、课程简介 计算机辅助药物设计是一门新兴学科，也是适合培养生物信息专业学生创新思维和独立性的一门专业课程。本课程共72学时，4学分。课程主要介绍了药物作用的基本理论，计算机辅助药物设计的背景与原理、基本概念和方法、数据库系统、理论计算基础等，并结合典型实例重点讲解计算机辅助药物设计的基本传统方法与新方法。本课程的目的是通过教学使学生了解新药研究和开发的程序，熟悉新药（先导化合物）发现途径，掌握药物设计的意义、理论和基本研究方法，了解学科的发展方向，掌握运用计算机进行合理的药物设计的理论和知识。 Computer aided design of drug is a new subject developed in recent years. It is a special course for under-graduated students of bioinformatics. This course has 72 class hours and 4 credit in total. The basic theory of interactions between drugs, the background and basic concept of computer aided design of drug are introduced systematically. And the traditional or new methods for computer aided design of drug are also introduced in details by explaining many examples of drug design. Students trained with the course will know about the process for new drug design, the method for new drug discovery, and learn the knowledge of drug design with computer. 二、教学内容与要求 第一章 药物研究及计算机辅助药物分子设计 【教学内容】 第一节 药物研究的历史和现状 第二节 现代药物研究的特点 1 分子生物学、基因组学、蛋白质组学 2 组合化学 3 高通量筛选 4 与药物研究相关的信息科学和技术 第三节 计算机辅助药物设计概述 【教学要求】 1、? 了解现代药物研究的四大技术支柱；2、? 了解计算机辅助药物设计方法的分类； 3、? 掌握计算机辅助药物设计的最新发展动态。 【教学内容】 第一节 最优化问题概述 第二节 数值最优化方法 1 最优化算法基本结构 2 无约束问题最优化算法 第三节 非数值最优化方法 1 模拟退火 2 遗传算法 3 神经网络 【教学要求】 1、? 掌握计算化学中优化方法的数学预备知识； 2、? 了解计算复杂性； 3、? 掌握几种基本的非数值优化方法。 【教学内容】 第一节? 构象分析方法 1 小分子构象分析 2 蛋白质结构预测 第二节? 分子动力学 1 粒子受力的求算 2 非键相互作用能的处理 3 约束条件动力学 4 恒温和恒压分子动力学 5 分子动力学轨迹分析 第三节? 溶剂效应 1 显示溶剂模型 2 连续介质模型 【教学要求】 1、?? 掌握小分子构象分析中的系统搜索方法、片断连接方法、随机搜索方法、距离几何方法、分子动力学方法，以及基于遗传算法的构想分析方法；2、?? 掌握同源建模及Modeler方法；了解蛋白质模建的反相折叠及从头折叠方法； 3、?? 了解影响粒子受力的各项因素； 4、?? 掌握非键作用能的截断及FMM等处理方法； 【教学内容】 第一节?? 结合自由能计算 1 自由能计算方法简介 2 自由能微扰和热力学积分方法 3 基于主方程的作用能计算方法 4 基于经验方程的作用能计算方法 5 LIE方法 第二节?? 定量构效关系方法研究 1 二维定量构效关系方法 2 建立定量构效关系模型的统计方法 3 三维定量构效关系 第三节?? 药效团模型方法 1 药效团模型的表达 2 药效团模型的识别 3 基于