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第二章 蛋白质分子设计 Chapter two Protein Design 引 言 在人体的进化过程中蛋白质执行了在人体及体 外的许多重要任务： 酶是催化化学反应的蛋白质或者核酸分子； 抗体起到防护的作用; …… 从生态角度，蛋白质也是非常理想的物质: 生物合成不需要消耗很多能量 专一性很强 不产生副作用并且能很快降解 蛋白质应用受限的原因 蛋白质没有像化学试剂那样被普遍应用，其原因: (1)蛋白质分子量非常大(10，000-1，000，000)， 不能通过化学方法生产; (2)蛋白质的功能是在生理条件下挥发的，在其 它条件下(如在有机溶剂中)是不稳定的; (3)专一性致使其应用范围受到影响。 蛋白质设计目前存在的问题 1、与天然的蛋白质比较，缺乏结构的独特性及明 显的功能优越性 2、三级结构的确定性较差 第一节 蛋白质分子设计原理 计算机模拟 基因构建 功能分析 突变蛋白质产品 Protein 设计循环 蛋白质分子设计的流程 天然蛋白质 蛋白质结构预测 蛋白质晶体学 蛋白质三维结构 结构与功能的关系 数据 的输 蛋白质突变体设计及结构预测 入 几何优化及蛋白质动力学研究 结果分析与原先的结构比较 蛋白质合成定位突变 分离、纯化及表征 新蛋白质 Pr突变体设计的3个步骤 利用计算机模拟技术确定突变位点及替换的aa 利用能量优化及动力学方法预测修饰后的蛋白质结构 预测的结构与原始的Pr结构比较，利用Pr结构-功能或结构 稳定相关知识及理论计算机预测新Pr可能具有的性质  在上述的设计工作完成后，要进行合成 或突变实验并经分离、纯化及表征后得到所 要求的新Pr；  Pr设计的成功与否，必须要有理论与实 验的紧密相结合 一、蛋白质分子设计的分类 • 设计的目的主要有两个： • 一：为有目的的蛋白质工程改造提供设计方案和 指导性信息，如以此提高蛋白质的热、酸稳定性， 增加活性，降低副作用，提高专一性等； • 二：探索蛋白质的折叠机理，如简单蛋白质骨架 的从头设计是研究蛋白质内相互作用力的类型及 本质的很好途径，也为解决蛋白质折叠问题寻找 定性和定量的规律。 （一）蛋白质分子设计的层次 • 分为两个层次： • 一是在蛋白质三维结构已知基础上的分 子设计； • 二是在三维结构未知的情况下，借助一 级结构序列信息及生物化学性质进行分 子设计工作。 （二）蛋白质分子设计的分类 • 1．定点突变或化学修饰法 • 2 ．拼接组装设计法 • 3 ．从头设计全新蛋白质 三、蛋白质分子设计的原则(p50) • 1．活性设计 • 2 ．对专一性的设计 • 3 ．Scaffold设计(框架) • 4 ．疏水基团与亲水基团需合理分布 • 5 ．最优的氨基酸侧链几何排列 蛋白质分子设计原理 内核假设。蛋白质的独特的折叠形式是由蛋白质内 核中残基的相互作用决定。 （内部十分保守的区域） Pr 内部都是密堆积 （很少有空穴大到水分子可以结 合一个水分子或惰性气体），没有重叠 所有内部的氢键都是最大满足的 （主链和侧链）。 蛋白质的氢键形成涉及一个交换反应，溶剂键被蛋白 质键所取代 疏