VMD教程概要1.docVIP

简介： 这个教程为新用户介绍了VMD的用法。老用户也可以用本教程进一步熟悉程序的应用，以更好地利用VMD。本教程是针对VMD 1.8.3设计的，需要约3个小时来完成。 本教程新增的内容可用三个独立的单元讲解。第一个单元主要内容是分子图形表现方法基础， 还会介绍制作形象逼真的图像要了解的知识。另外的两个单元是针对高级用户，介绍了VMD的脚本。尽管非技术性用户可以略去脚本的阅读，但是我们鼓励每个人都去试一试着读一下，因为它会提供一些有力而易用的工具，这些工具是简单的图形用户界面所无法提供的。 本教程以一种有趣的小蛋白质泛素的研究为例来说明VMD的应用。在本文中，一些资料是在小框中出现的。这些小框中包括教程的补充内容，例如泛素扮演的生物学角色，使用VMD的一些提示和捷径等等。 如果你有对本教程的评论和问题，请发邮件至tutorial-l@。邮件列表可以在/Training/Tutorials/mailing list/tutorial-l/.中找到。 泛素 本教程会用VMD来显示泛素。泛素是一个由76个氨基酸组成的小蛋白质，在所有的真核生物中普遍存在。在所有真核生物蛋白质中，泛素是最为保守的蛋白质之一（在昆虫，鱼，牛和人中，前74个氨基酸是完全一样的）。它已被证明存在于细胞核、细胞质和细胞表面。它首要的功能是介导蛋白质降解，在降解过程中，作为细胞内蛋白水解酶识别的标志。 需要的程序： 以下是本教程中需要的程序 VMD: 可以从/Research/vmd/下载（在所有平台上均可使用）。 绘图程序：要观看从VMD输出的图像，需要专门的程序。VMD有一个内置的绘图程序，也可以应用外部程序。应用什么程序是由你的操作系统决定的。例如： – Unix/Linux: xmgrace, http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/ – Windows: Excel, /en-us/FX010858001033.aspx (需要购买) – Mac/Multiple Platforms: Mathematica, / (需要购买); gnuplot, /(免费下载) 现在开始学习VMD 你可以在VMD-tutorial-files目录里找到本教程的文件。如图1所示的VMD-tutorial-files的文件和目录 图1：VMD-tutorial-files的目录结构 运行VMD， 可以在Unix 终端窗口中键入vmd, 在Mac OS X的应用文件夹中双击VMD应用程序图标或者在windows中单击开始——程序——VMD。 1 VMD基础 在本单元中你会通过构建一个泛素的较美观的图形来熟悉VMD的基本命令。另外，你可以学习怎样用VMD来寻找蛋白质结构上的有趣的特点。 导入分子 第一个步骤是导入分子。在教程中提供了一个pdb文件1UBQ.pdb，文件中包含了泛素的原子坐标。 1在VMD主窗口的菜单栏中选择File —— New Molecule，如图2（a），屏幕上会显示另外一个窗口，即Molecule File Browser (b)。 应用Browse.（c）按钮在vmd-tutorial-files中找到文件1UBQ.pdb，注意到当你选择这个文件的时候，就会回到Molecule File Browser窗口。为了精确地导入你要导入的文件一定不要忘了按下Load（d）按钮。 现在，泛素在你的OpenGL Display窗口中显示出来。你可以随时选择Molecule File Browser窗口。 Webpdb. 如果网络连接可用，VMD可以从蛋白质数据库中下载pdb文件。只要在Molecule File Browse窗口的File Name中键入四个字母的蛋白质号，再点一下load就可以了。VMD会自动下载该pdb文件。 坐标文件。文件1UBQ.pdb与泛素的X射线衍射1.8埃分辨率侧的结果香对应（Senadhi Vijay-Kumar, Charles E. Bugg and William J. Cook, J. Mol. Biol. (1987) 194, 531）。注意蛋白质被58个水分子包围，结果中不包含氢原子。 1．2 显示蛋白质 为了观察蛋白质的三维结构，我们要用到多种鼠标模式。 1 在OpenGL Display中,按下鼠标左键同时移动鼠标。进一步观察有什么现象。这是鼠标的旋转模式，通过这种模式，你可以让这个分子绕一个与屏幕平行的轴旋转。图3（a） 2 如果你按下鼠标右键，重复上一步骤，分子会绕一个与屏幕垂直的轴旋转（b）（对于Mac用户来说，右键产生的效果与在按下mouse菜单选项后点击命令按钮是一样的）。 3 在VMD主窗口中，看一下Mouse菜单（图4），这里，你可以把鼠标模